R语言 bgafun包 run_between_pca()函数中文帮助文档(中英文对照)

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run_between_pca(bgafun)
run_between_pca()所属R语言包：bgafun

                                         run PCA to identify functional positions in an alignment
                                         运行PCA，以确定在对齐的功能位置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a cover function that runs supervised PCA on a matrix that represents an alignment. The matrix can either be a binary matrix (with or without pseudocounts) or one that represents the properties at each position of the alignment
这是一个覆盖函数上运行监督PCA的矩阵表示对齐。矩阵可以是二进制矩阵（带或不带pseudocounts）或代表在每个位置对齐属性


用法----------Usage----------


run_between_pca(x,z,y)



参数----------Arguments----------

参数：x
Matrix representation of alignment generated by convert\_aln\_amino  
矩阵表示对齐转换\ _aln \ _amino


参数：z
Matrix representation of alignment generated by convert\_aln\_amino or convert\_aln\_AAP  
矩阵转换\ _aln \ _amino或转换\ _aln \ _AAP对齐的代表性


参数：y
Vector or factor that shows the group representation for each sequence in the alignment
向量或因素，显示在每个序列组表示对齐


举例----------Examples----------


library(bgafun)
data(LDH)
data(LDH.groups)
#Used to calculate the sequence weights[用于计算的序列重量]
data(LDH.amino.gapless)
data(LDH.aap.ave)
#Run the analysis[运行分析]
LDH.aap.ave.bga=run_between_pca(LDH.amino.gapless,LDH.aap.ave,LDH.groups)
class(LDH.aap.ave.bga)
#to visualise the results[以可视化的结果]
plot(LDH.aap.ave.bga)

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