convert_aln_amino(bgafun)
convert_aln_amino()所属R语言包:bgafun
Converts an alignment object into binary amino matrix
对齐对象转换成二进制氨基酸矩阵
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Converts an alignment object, read in by the seqinr package, into a binary matrix. The binary matrix represents the absence or presence of amino acids at each position in the alignment
读由seqinr包,对齐对象,转换成二进制矩阵。二进制矩阵表示对齐在每个位置的情况下或存在的氨基酸
用法----------Usage----------
convert_aln_amino(Alignment)
参数----------Arguments----------
参数:Alignment
Alignment object read in using read.alignment function in seqinr
读在使用在seqinr read.alignment功能对齐对象
举例----------Examples----------
library(bgafun)
LDH <- read.alignment(file = system.file("sequences/LDH-MDH-PF00056.fasta", package = "bgafun"), format = "fasta")
LDH.amino=convert_aln_amino(LDH)
dim(LDH.amino)
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