R语言 bgafun包 BGAfun()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

BGAfun(bgafun)
BGAfun()所属R语言包：bgafun

                                         BGAfun A method to identify specifity determining residues in protein families
                                         BGAfun的方法，以确定蛋白质家族的特异性决定残

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This Package combines between group analysis with sequence alignments to identify specifity determining residues in protein families
此套件组与分析结合序列比对，以确定蛋白质家族的特异性决定残


作者（S）----------Author(s)----------



Iain Wallace <iain.wallace@ucd.ie>




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------



library(bgafun)
#read in alignment[读对齐]
LDH <- read.alignment(file = system.file("sequences/LDH-MDH-PF00056.fasta", package = "bgafun"), format = "fasta")

#Assign into groups[成组分配]
LDH.amino=convert_aln_amino(LDH)
LDH.groups=rownames(LDH.amino)
LDH.groups[grep("LDH",LDH.groups)]="LDH"
LDH.groups[grep("MDH",LDH.groups)]="MDH"
LDH.groups=as.factor(LDH.groups)

#Convert to Amino Acid matrix (or Amino Acid properties matrix)[转换为氨基酸矩阵（或氨基酸性质的矩阵）]
LDH.amino.gapless=remove_gaps_groups(LDH.amino,LDH.groups)
#Add Psuedo counts[添加伪计数]
LDH.pseudo=LDH.amino.gapless+1

LDH.binary.bga=bga(t(LDH.pseudo),LDH.groups)
plot(LDH.binary.bga)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。