R语言 spider包 slideNucDiag()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

slideNucDiag(spider)
slideNucDiag()所属R语言包：spider

                                         Sliding nucleotide diagnostics
                                         滑动核苷酸诊断

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculates the number of diagnostic nucleotides in sliding windows.
计算在滑动窗口的数量的诊断核苷酸。


用法----------Usage----------


slideNucDiag(DNAbin, sppVector, width, interval = 1)



参数----------Arguments----------

参数：DNAbin
A DNA alignment of class "DNAbin".  
一个DNA对准类的DNAbin“。


参数：sppVector
Species vector (see sppVector).  
种向量（参见sppVector“）。


参数：width
Desired width of windows in number of base pairs.  
所需宽度的窗口数目的碱基对。


参数：interval
Distance between each window in number of base pairs. Default of 1. Giving the option of "codons" sets the size to 3.  
中每个窗口数目的碱基对之间的距离。默认值为1。给予的选项"codons"的大小设置为3。


Details

详细信息----------Details----------

Determines the number of diagnostic nucleotides for each species in each window.
确定在每个窗口中的每个种类的诊断核苷酸的数目。


值----------Value----------

A matrix giving the number of diagnostic nucleotides for each species (rows) in each window (columns).
给每个物种（行），在每个窗口中（列）的数目的诊断核苷酸A矩阵。


（作者）----------Author(s)----------



Samuel Brown <s_d_j_brown@hotmail.com>




参见----------See Also----------

slideAnalyses, slideBoxplots, slidingWindow.
slideAnalyses，slideBoxplots，slidingWindow。


实例----------Examples----------


data(dolomedes)
doloSpp <- substr(dimnames(dolomedes)[[1]], 1, 5)

slideNucDiag(dolomedes, doloSpp, 200, interval = 3)

slidND <- slideNucDiag(dolomedes, doloSpp, 200, interval = 3)

#Number of basepairs for each species[每个物种数个碱基对]
matplot(t(slidND), type = "l")

#Number of basepairs for a single species[数个碱基对单物种]
plot(slidND[4, ], type = "l")

#Total number of basepairs per window[个碱基对每个窗口的总数]
plot(colSums(slidND), type = "l")



转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。