R语言 spider包 slideBoxplots()函数中文帮助文档(中英文对照)

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slideBoxplots(spider)
slideBoxplots()所属R语言包：spider

                                         Boxplots across windows
                                         盒形图整个窗口

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculates boxplots of genetic distances using sliding windows.
计算遗传距离，采用滑动窗口的盒形图。


用法----------Usage----------


slideBoxplots(DNAbin, sppVector, width, interval = 1, method = "nonCon")



参数----------Arguments----------

参数：DNAbin
A DNA alignment of class "DNAbin".  
一个DNA对准类的DNAbin“。


参数：sppVector
A species vector (see sppVector).  
一个物种矢量（见sppVector“）。


参数：width
Width of windows.  
窗口的宽度。


参数：interval
Distance between each window in number of base pairs. Default of 1. Giving the option of "codons" sets the size to 3.  
中每个窗口数目的碱基对之间的距离。默认值为1。给予的选项"codons"的大小设置为3。


参数：method
Options of "overall", "interAll" or "nonCon" (the default).  
"overall", "interAll"或"nonCon"（默认值）的选项。


Details

详细信息----------Details----------

Giving method="overall" calculates the boxplot for the distance matrix of each window.
在method="overall"计算每个窗口的距离矩阵的箱线图。

Giving method="interAll" calculates boxplots for the inter- and intra-specific distances of each window, showing the result for ALL inter-specific distances.
在method="interAll"的计算每个窗口间和种内距离的盒状图，显示的结果为所有种间的距离。

Giving method="nonCon" calculates boxplots for the inter- and intra-specific distances of each window, showing the result for only the nearest-conspecific distances for each individual.
在method="nonCon"间和种内的各个窗口的距离计算的盒状图，示出的结果，只有最近的同种的距离为每个单独的。


值----------Value----------

A list with
一个列表


参数：treeMeasures
Logical. Tree measures calculated? Always FALSE.
逻辑。树措施如何计算的？始终为false。


参数：distMeasures
Logical. Distance measures calculated? Always FALSE.
逻辑。距离测量计算出来的？始终为false。


参数：bp_out
If method="overall", contains the boxplot objects of each window.
如果method="overall"，包含每个窗口的盒形图的对象。


参数：bp_InterSpp_out
If method!="overall", contains the boxplot objects of the interspecific distances of each window.
如果method!="overall"，箱线图对象的每个窗口间的距离。


参数：bp_IntraSpp_out
If method!="overall", contains the boxplot objects of the intraspecific distances of each window.
如果method!="overall"，箱线图对象的种内的每个窗口的距离。


参数：bp_range_out
range of y-axis values.
y轴的值的范围。


参数：pos_out
x-axis values.
x轴的值。


参数：boxplot_out
Logical. Boxplots calculated? Always TRUE.
逻辑。盒形图计算出来的？总是如此。


参数：method
The method used for calculating boxplots. "overall", "interAll" or "nonCon".
所使用的方法，用于计算的箱线图。 "overall", "interAll"或"nonCon"。


（作者）----------Author(s)----------



Samuel Brown <s_d_j_brown@hotmail.com>




参见----------See Also----------

boxplot, plot.slidWin, slideAnalyses, slidingWindow.
boxplot，plot.slidWin，slideAnalyses，slidingWindow。


实例----------Examples----------


data(dolomedes)
doloDist <- dist.dna(dolomedes)
doloSpp <- substr(dimnames(dolomedes)[[1]], 1, 5)

doloNonCon <- slideBoxplots(dolomedes, doloSpp, 200, interval=10)
plot(doloNonCon)

doloOverall <- slideBoxplots(dolomedes, doloSpp, 200, interval=10, method="overall")
plot(doloOverall)

doloInterall <- slideBoxplots(dolomedes, doloSpp, 200, interval=10, method="interAll")
plot(doloInterall)

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