R语言 spider包 slideAnalyses()函数中文帮助文档(中英文对照)

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slideAnalyses(spider)
slideAnalyses()所属R语言包：spider

                                         Sliding window analyses
                                         滑动窗口分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Wraps a number of measures used in sliding window analyses into one easy-to-use function.
包装到一个易于使用的函数中使用的滑动窗口分析了一些措施。


用法----------Usage----------


slideAnalyses(DNAbin, sppVector, width, interval = 1,
    distMeasures = TRUE, treeMeasures = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：DNAbin
A DNA alignment of class "DNAbin".  
一个DNA对准类的DNAbin“。


参数：sppVector
Species vector (see sppVector).  
种向量（参见sppVector“）。


参数：width
Desired width of windows in number of nucleotides.  
所需宽度的窗口中的核苷酸数目。


参数：interval
Distance between each window in number of nucleotides. Default of 1. Giving the option of 'codons' sets the size to 3.  
每个窗口中的核苷酸数目之间的距离。默认值为1。给予密码子的选项的大小设置为3。


参数：distMeasures
Logical. Should distance measures be calculated? Default of TRUE.  
逻辑。距离措施，计算出来的？默认值为TRUE。


参数：treeMeasures
Logical. Should tree-based measures be calculated? Default of FALSE.  
逻辑。基于树的措施如何计算的？默认值false。


Details

详细信息----------Details----------

Distance measures include the following: proportion of zero non-conspecific distances, number of diagnostic nucleotides, number of zero-length distances, and overall mean distance.
距离的措施包括以下内容：零非同种的距离的比例，诊断的核苷酸的数量，数量的零长度的距离，和整体平均距离。

Tree-based measures include the following:  proportion of species that are monophyletic, proportion of clades that are identical between the neighbour joining tree calculated for the window and the tree calculated for the full dataset, and the latter with method="shallow".
基于树的措施包括以下内容：是单系类群的物种的比例，比例是相同的窗口和树的完整数据集计算计算之间的邻接树的分支，而后者与method="shallow"。

Tree-based measures are a lot more time-intensive than distance measures. When dealing with lots of taxa and short windows, this part of the function can take hours.
基于树的措施有很多更多的时间比距离措施。在处理大量的生物分类和短窗口的功能，这部分可能需要几个小时。

Both distance and tree measures are calculated from a K2P distance matrix created from the data with the option pairwise.deletion = TRUE. When sequences with missing data are compared with other sequences, a NA distance results. These are ignored in the calculation of slideAnalyses distance metrics. However, the tree measures cannot cope with this missing data, and so no result is returned for windows where some sequences solely contain missing data.
一个的K2P距离矩阵创建从选项pairwise.deletion = TRUE的数据与从计算两种距离和树木措施。当丢失数据的序列与其他序列，NA的距离结果进行比较。 slideAnalyses的距离度量的计算中被忽略。然而，树的措施不能应付这个丢失的数据，并没有任何结果返回的窗口，其中仅包含部分序列丢失的数据。


值----------Value----------

An object of class 'slidWin' which is a list containing the following elements:
对象类的slidWin“，这是一个列表，其中包含以下元素：


参数：win_mono_out
Proportion of species that are monophyletic.
是单系类群的物种的比例。


参数：comp_out
Proportion of clades that are identical between the NJ tree calculated for the window and the tree calculated for the full dataset.
是相同的窗口和树的全部数据集计算计算之间的NJ树的分支比例（百分比）。


参数：comp_depth_out
Proportion of shallow clades that are identical.
浅分支的比例是相同的。


参数：pos_tr_out
Index of window position for tree-based analyses.
基于树的分析窗口的位置的索引。


参数：noncon_out
Proportion of zero non-conspecific distances.
零的距离不同种的比例。


参数：nd_out
The sum of diagnostic nucleotides for each species.
诊断核苷酸每个物种的总和。


参数：zero_out
The number of zero-length distances.
零长度的距离的数量。


参数：dist_mean_out
Overall mean K2P distance of each window.
平均每个窗口的K2P距离。


参数：pos_out
Index of window position.
窗口位置的索引。


参数：dat_zero_out
Number of zero inter-specific distances in the full dataset.
零间特定的距离中的完整的数据集的数量。


参数：boxplot_out
Always FALSE. Required for plot.slidWin.
始终为false。它需要为plot.slidWin。


参数：distMeasures
Value of argument. Required for plot.slidWin.
的参数的值。它需要为plot.slidWin。


参数：treeMeasures
Value of argument. Required for plot.slidWin.
的参数的值。它需要为plot.slidWin。


（作者）----------Author(s)----------



Samuel Brown <s_d_j_brown@hotmail.com>




参见----------See Also----------

dist.dna, plot.slidWin, rankSlidWin, slideNucDiag.
dist.dna，plot.slidWin，rankSlidWin，slideNucDiag。


实例----------Examples----------


data(dolomedes)
doloDist <- dist.dna(dolomedes)
doloSpp <- substr(dimnames(dolomedes)[[1]], 1, 5)

slideAnalyses(dolomedes, doloSpp, 200, interval=10, treeMeasures=TRUE)


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