R语言 spider包 rankSlidWin()函数中文帮助文档(中英文对照)

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rankSlidWin(spider)
rankSlidWin()所属R语言包：spider

                                         Rank a 'slidWin' object.
                                         等级A slidWin对象。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Display the highest ranking windows measured by slideAnalyses.
显示排名最高窗口测量slideAnalyses。


用法----------Usage----------


rankSlidWin(slidWin, criteria="mean_distance", num = 10)



参数----------Arguments----------

参数：slidWin
An object of class "slidWin", made using slideAnalyses.  
一个对象的类的slidWin“，做了使用slideAnalyses。


参数：criteria
Name of criteria to sort by. Can be any of the following: "mean_distance", "monophyly", "clade_comparison", "clade_comp_shallow", "zero_noncon", "zero_distances", "diag_nuc" or "all". Default of "mean_distance" if distance measures have been calculated, otherwise "monophyly".  
标准名称进行排序。可以是任何如下："mean_distance", "monophyly", "clade_comparison", "clade_comp_shallow", "zero_noncon", "zero_distances", "diag_nuc"或"all"。默认的"mean_distance"，如果已计算距离的措施，否则"monophyly"。


参数：num
Number of windows to return. Default of 10.   
返回的窗口数。默认值为10。


Details

详细信息----------Details----------

The criteria for rankSlidWin correspond to the variables outputted by slideAnalyses and are sorted in the following manner:
的标准rankSlidWin对应于输出变量由slideAnalyses，并以下面的方式排序条件：

Given a sequence of 1:10, the ascending method of sorting considers 10 as high. The descending method considers 1 as high.
鉴于为1:10的序列，升序排序的方法，认为10一样高。的下降法认为高。

The "all" criterion returns the windows that have the highest cumulative total score over all criteria.
"all"标准返回窗口具有最高累计总得分超过所有标准。


值----------Value----------

A data frame giving the values of the measures calculated by slideAnalyses, ranked to show the top 10 positions based on the criterion given.
一个数据框给的值计算的slideAnalyses的措施，排名显示排名前10位的位置，根据给定的标准。


（作者）----------Author(s)----------



Samuel Brown <s_d_j_brown@hotmail.com>




参见----------See Also----------

slideAnalyses.
slideAnalyses。


实例----------Examples----------


data(dolomedes)
doloDist <- dist.dna(dolomedes)
doloSpp <- substr(dimnames(dolomedes)[[1]], 1, 5)

doloSlide <- slideAnalyses(dolomedes, doloSpp, 200, interval = 10, treeMeasures = TRUE)

rankSlidWin(doloSlide)
rankSlidWin(doloSlide, criteria = "zero_distances")

doloSlide2 <- slideAnalyses(dolomedes, doloSpp, 200, interval = 10, treeMeasures = FALSE)
rankSlidWin(doloSlide2)

doloSlide3 <- slideAnalyses(dolomedes, doloSpp, 200, interval = 10, distMeasures = FALSE,
    treeMeasures = TRUE)
rankSlidWin(doloSlide3)

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