R语言 spider包 paa()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

paa(spider)
paa()所属R语言包：spider

                                        Population Aggregate Analysis
                                         人口总量分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Conducts population aggregate analysis over a matrix of characters of interest.
开展人口综合分析的矩阵字符的利益。


用法----------Usage----------


paa(data, sppVector)



参数----------Arguments----------

参数：data
A data matrix with columns as characters  and rows as individuals.
一个数据矩阵列，字符和行个人。


参数：sppVector
The species vector. See sppVector.
该物种的向量。见sppVector。


Details

详细信息----------Details----------

When used on DNA sequences, the function treats gaps as seperate characters.
DNA序列上使用时，该函数将作为单独的字符的间隙。


值----------Value----------

A matrix with species as rows and characters as columns. Cells give the character state of each species if fixed, or "poly" if the character is polymorphic.
矩阵的行和列的字符的物种。给每个品种的特征状态的单元固定，或“聚”如果字符是多态的。


（作者）----------Author(s)----------


Samuel Brown <s_d_j_brown@hotmail.com>



参考文献----------References----------

issue in systematic biology. _Trends in Ecology and Evolution_ *18* (9), 462-470.

实例----------Examples----------


#Create some exemplar data[创建一些样本数据]
u <- sample(c(0,1), 16, replace=TRUE)
v <- rep(c(0,1), rep(8,2))
x <- rep(c(1,0), rep(8,2))
y <- sample(c(0,1), 16, replace=TRUE)
z <- rep(c(1,0), rep(8,2))

dat <- cbind(u,v,x,y,z)
popn <- rep(c("A","B", "C", "D"), rep(4,4))

paa(dat, popn)

#Use on DNA sequences[使用DNA序列]
data(anoteropsis)
anoSpp <- sapply(strsplit(dimnames(anoteropsis)[[1]], split="_"),
        function(x) paste(x[1], x[2], sep="_"))

paa(as.character(anoteropsis), anoSpp)

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