localMinima(spider)
localMinima()所属R语言包：spider
Determine thresholds from a density plot
从密度曲线确定阈值
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function determines possible thresholds from the distance matrix for an alignment.
此函数用于确定可能的阈值比对的距离矩阵。
用法----------Usage----------
localMinima(distobj)
参数----------Arguments----------
参数：distobj
A distance object (usually from dist.dna).
的距离对象（通常从dist.dna）。
Details
详细信息----------Details----------
This function is based on the concept of the barcoding gap, where a dip in the density of genetic distances indicates the transition between intra- and inter-specific distances. Understanding your data is vital to correctly interpreting the output of this function, but as a start, the first local minimum is often a good place to start.
此功能是基于条形码差距的概念，浸在遗传距离的密度表示内和种间的距离之间的过渡。了解你的数据正确地解释这个函数的输出是非常重要的，但作为一个开始，第一个当地最低往往是一个良好的开端。
The value of this function is that it does not require prior knowledge of species identity to get an indication of potential threshold values.
此函数的值是，它不要求物种身份的先验知识得到的潜在阈值的指示。
值----------Value----------
An object of class "density", which is a list containing the values calculated by density. The element localMinima has been added, which contains the values of the local minima of the density plot.
类“密度”的对象，这是一个列表，其中包含的值计算的density。元素localMinima已被添加，其中包含的密度图的局部极小值。
（作者）----------Author(s)----------
Samuel Brown <s_d_j_brown@hotmail.com>
参见----------See Also----------
dist.dna, density.
dist.dna，density。
实例----------Examples----------
data(anoteropsis)
anoDist <- dist.dna(anoteropsis)
anoThresh <- localMinima(anoDist)
plot(anoThresh)
anoThresh$localMinima
#Often the first value is the one to go for:[通常情况下，首先看重的是一个去：]
anoThresh$localMinima[1]
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发表于 2012-9-30 15:17:29
