R语言 beadarray包 imageplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

imageplot(beadarray)
imageplot()所属R语言包：beadarray

                                        imageplot for beadLevelData object
                                         imageplot为beadLevelData对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generates an image plot for data from a beadLevelData object.
生成图像数据从一个beadLevelData对象图。


用法----------Usage----------


imageplot(BLData, array = 1, transFun = logGreenChannelTransform, squareSize = NULL, useLocs = TRUE, horizontal = TRUE, low = "lightgreen", high = "darkgreen", ncolors = 100, zlim = NULL, legend = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：BLData
beadLevelData  
beadLevelData


参数：array
integer specifying what section to plot  
整数，指定绘制什么节


参数：transFun
Function that defines how values from the BLData object are to be transformed prior to plotting.   
定义值从BLData对象是如何被改造之前绘制的功能。


参数：squareSize
Numeric specifying how many pixels in the original image make up each square in the imageplot. If NULL, the function will guess a suitable value from the data.   
数字指定如何在原始图像中的像素弥补在imageplot的每个平方米。如果为NULL，该函数将猜测从数据的合适的值。


参数：useLocs
If TRUE the function will read the locs file associated with the section in order to include the physical properties of the section in the plot  
如果TRUE的功能会读LOCS节相关的文件，以包括在剧图的物理性质，化学性质，


参数：horizontal
If TRUE the image will be plotted so that the longest edge of the section is on the x axis.  
如果TRUE图像将被绘制节最长的边缘，使x轴。


参数：low
colour to use for lowest intensity  
使用低强度的颜色


参数：high
colour to use for highest intensity  
颜色使用强度最高


参数：ncolors
The number of colour graduations between high and low  
高与低之间的颜色刻度数


参数：zlim
numerical vector of length 2 giving the extreme values of 'z' to associate with colours 'low' and 'high'.  
数值向量长度为2Z的极端值相关联的颜色“低”和“高”。


参数：legend
logical, if TRUE, zlim and range of data is added to plot.  
逻辑，如果TRUE，zlim“范围内的数据被添加到图。


参数：...
other arguments to plot  
其他参数绘制


Details

详情----------Details----------

Produces a standard imageplot for the specified section. The default, transformation logGreenChannelTransform, takes the log2 of the green channel. For two channel data, the red channel or log ratio can be plotted by logRedChannelTransform or logRatioTransform functions can be used. The user can also specify their own functions.
产生一个标准的指定部分imageplot。默认情况下，改造logGreenChannelTransform，绿色通道的log2。两个通道的数据，红色通道或数比可以绘制logRedChannelTransform或logRatioTransform功能可以使用。用户还可以指定自己的职能。

The default plotting orientation is such that the longest edge of the section is along the x axis. If horizontal = FALSE, the longest edge will by on the y axis and should match how the corresponding TIFF image from the BeadScan directory is orientated.
节最长边是沿x轴的默认绘图方向是这样。如果horizontal = FALSE，最长的边缘上的Y轴和应符合相应的TIFF形象从BeadScan目录如何导向。

If locs = TRUE and locs file were made available to readIllumina, the segments that the section is comprised of will be visible (For expression BeadChips, each section is made of nine physically separate segments). The squareSize parameter will also be set appropriately.
如果locs = TRUE和LOCS文件提供给readIllumina，部分是由段将是可见的（对于表达BeadChips，9个物理上独立的部分，每个部分）。也将设置适当的squareSize参数。

As a result of both having identical function names this function can conflict with the  imageplot method in 'limma'.  If both packages are loaded, the function from whichever package was loaded last takes precedence.  If the 'beadarray' imageplot() function is masking that from 'limma', one can directly call the 'limma' method using the command "limma::imageplot()".  Alternatively, one can detach the 'beadarray' package using "detach(package:beadarray)".  Similar techniques can be used if 'limma' is masking the 'beadarray' method.
作为一个具有相同的功能名称，此功能可以与imageplotlimma的方法发生冲突的结果。如果这两个包加载，从哪个包加载功能优先。如果“beadarray”imageplot（）函数被掩盖，从limma“，可以直接拨打使用命令”limma :: imageplot（）“的”limma方法。另外，可以分离“beadarray包，使用”分离（包：beadarray）“。如果limma“是掩盖beadarray”的方法，可以使用类似的技术。


值----------Value----------

A ggplot object which is printed to screen by default
一个ggplot对象打印到屏幕上，默认情况下，


作者（S）----------Author(s)----------



Mike Smith and Mark Dunning




举例----------Examples----------



if(require(beadarrayExampleData)){

data(exampleBLData)

##By default the first array is plotted, here we plot the 2nd which should give a more interesting example[＃默认情况下绘制的第一个数组，这里我们绘制第二，应该给一个更有趣的例子]
imageplot(exampleBLData, array=2)

}


## Not run: [＃无法运行：]

ip <- imageplot(exampleBLData, array=2, low="lightgreen", high="darkgreen", horizontal=FALSE)

ggsave(ip, filename="myimageplot.png")

ip2 <- imageplot(exampleBLData, array=2, low="lightgreen", high="darkgreen", horizontal=TRUE)

ggsave(ip2, filename="myimageplot2.png")



## End(Not run)[＃结束（不运行）]


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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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