R语言 SpectralGEM包 SpectralGEM()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

SpectralGEM(SpectralGEM)
SpectralGEM()所属R语言包：SpectralGEM

                                        Software for Matching
                                         匹配软件的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

SpectralGEM is designed to find the ancestry vectors and match cases and controls for association analysis.
SpectralGEM设计找到的祖先向量和比赛情况和控制的关联分析。


用法----------Usage----------


SpectralGEM(InputFile = "matching_input.txt",CM="CM",outlier=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：InputFile
The name of the file that contains the input parameters.
文件中包含的输入参数的名称。


参数：CM
options are C, M, and CM. C: for clustering only with  removing outliers. M: for matching only without examing the outliers. CM:  for clustering, removing outliers, and matching.
选项是C，M，和CM。 C：去除异常值进行聚类。 M：没有追问的离群值匹配。 CM：聚类，去除异常值，和匹配。


参数：outlier
An option to remove outliers by checking the distributions of the distances between cases and contrls. Only applicable when CM="C"
选项，删除异常检查的距离情况和contrls之间的分布。只适用于当CM =“C”


值----------Value----------

<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>cl</td> <td> a two column matrix: the first column is the sample ID, the  second column is the cluster id</td></tr> <tr valign="top"><td>U</td> <td> a matrix, the first column is the sample ID, the second columns is group id, the third column is the trivial eigenvector U0,  and rest are the  significant eigenvectors</td></tr> <tr valign="top"><td>lambda</td> <td> eigenvalues corresponding to the eigenvectors</td></tr> <tr valign="top"><td>d</td> <td> the distance between case and control</td></tr> </table> The program performs clustering and matching or matching only. The cl  values are generated at the clustering stage. The significant  eigenvectors are generated at the matching stage.
<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD>cl </ TD> <td>一个两列的矩阵：第一列是样品编号，第二列是聚类ID </ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD> U </ TD> <td>一个矩阵，第一列是样品编号，第二列是组ID ，第三列是琐碎的特征向量U0，其余是显着的特征向量</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD> lambda </ TD> <TD>特征值对应的的特征向量</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD>d </ TD> <TD>病例和对照之间的距离</ TD> </ TR> </表>程序进行聚类和匹配或匹配唯一的。在聚类阶段产生的cl值。在匹配阶段产生的显着的特征向量。

A series of files are produced in the current directory.   
一系列的文件在当前目录中。


注意----------Note----------

The function depends on the local fortran executable. The function  asks whether the user would like to download the executable before it  
功能取决于当地FORTRAN的可执行文件。的功能，询问用户是否想下载的可执行文件之前


（作者）----------Author(s)----------


Ann Lee, Diana Luca, Bert Klei, Bernie Devlin, and Kathryn
Roeder


Maintainer: Jing Wu jwu@stat.cmu.edu



参考文献----------References----------

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。