R语言 beadarray包 BASHExtended()函数中文帮助文档(中英文对照)

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BASHExtended(beadarray)
BASHExtended()所属R语言包：beadarray

                                        BASH - Extended Defect Analysis
                                          - 扩展的BASH的缺陷分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Returns a score, which assesses the extent to which the background is changing across the array/strip.
返回一个得分，评估在多大程度上背景正在改变整个阵列/带。


用法----------Usage----------


BASHExtended(BLData, array, transFun = logGreenChannelTransform, neighbours = NULL, useLocs = TRUE, E = NULL, E.BG = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：BLData
BeadLevelList
BeadLevelList


参数：array
integer specifying which section/array to analyse
整数，指定该条/阵列分析


参数：transFun
Function to use to transform data prior to running BASH.
函数使用数据转换之前运行bash。


参数：neighbours
A Neighbours matrix. Optional - if left NULL, it will be computed, using default generateNeighbours settings.
一个邻居的矩阵。可选 - 如果为NULL，它会被计算，使用默认的generateNeighbours设置。


参数：useLocs
Logical value, specifiying whether the .locs file (if present) should be used to determine neighbours.
逻辑值，specifiying。LOCS文件（如果存在）是否应该被用来确定邻居。


参数：E
Numerical vector - The error image to use. Optional - if left blank, it will be computed, using generateE (with bgfilter = "none", i.e. no background filter applied).
数值向量 - 使用错误形象。可选 - 如果留空，将计算，使用generateE（用bgfilter = "none"，即没有任何背景的过滤器应用）。


参数：E.BG
Numerical vector - The background error image to use. Optional - if left blank, it will be computed from E, using default BGFilter settings (i.e. method = "median").
数值向量 - 背景误差图像使用。可选 - 如果留空，它将会从E计算，使用默认的BGFilter设置（即method = "median"）。


Details

详情----------Details----------

BASHExtended assesses the change of background across an array.
BASHExtended评估整个数组的背景变化。

The error image used should not be background filtered (as opposed to the error image used in BASHDiffuse). Here, E is the error image
使用错误形象不应该是过滤背景（而不是错误的形象使用BASHDiffuse）。在这里，E是错误的图像


值----------Value----------

Scalar (Extended defect score)
标（扩展缺损评分）


作者（S）----------Author(s)----------


Jonathan Cairns



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

BASH, generateNeighbours,
BASH，generateNeighbours


举例----------Examples----------




## Not run: [＃无法运行：]


if(require(beadarrayExampleData)){


data(exampleBLData)
extended <- BASHExtended(exampleBLData, 1)


}


## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
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