R语言 beadarraySNP包 createCNSummary()函数中文帮助文档(中英文对照)

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createCNSummary(beadarraySNP)
createCNSummary()所属R语言包：beadarraySNP

                                         Summarization of Copy number states
                                         综述拷贝数状态

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create a summary object of the genomic copy number states in a sample of segmented data
创建一个分段数据样本的基因拷贝数的汇总对象


用法----------Usage----------


createCNSummary(object, sample, dnaIndex=1, subsample = "OPA")



参数----------Arguments----------

参数：object
SNPSetIllumina object after segmentation segmentate  
SNPSetIllumina对象后分割segmentate


参数：sample
SampleName or index of the sample for which to create the summary
SampleName或指数的样本创建汇总


参数：dnaIndex
Measured DNA index of the sample
测量样品的DNA指数


参数：subsample
factor or column name in featureData slot  
featureData槽的因素或列名


Details

详情----------Details----------

The segments within a sample are assigned a copy number value. When the inferred slot  in assayData is empty, all segments will be set to 2. Otherwise the values are recovered from the inferred slot. Gender is taken into account for the sex chromosomes.  
样本内的段分配一个拷贝数的值。当inferred插槽assayData“是空的，所有段将设置为2。否则，值恢复inferred插槽。考虑性别的性染色体。


值----------Value----------

list with the following elements
与以下内容列表


参数：dnaIndex
same as parameter dnaIndex
与参数dnaIndex相同


参数：CN.total.nrm
Total expected copynumber for a 'normal' specimen ~ 2*featurecount
预计总copynumber一个正常的标本~2 * featurecount


参数：states
data.frame with columns opa, count ,intensity, copynumber
数据框与列opa, count ,intensity, copynumber

This list can be used as the cn.sum argument for plotGoldenGate4OPA, alterCN,    getDNAindex and setRealCN
这个列表可以用来作为cn.sum参数plotGoldenGate4OPA, alterCN,    getDNAindex和setRealCN


作者（S）----------Author(s)----------


Jan Oosting



参见----------See Also----------

segmentate, alterCN, plotGoldenGate4OPA  
segmentate, alterCN, plotGoldenGate4OPA

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