R语言 beadarraySNP包 calculateQCarray()函数中文帮助文档(中英文对照)

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calculateQCarray(beadarraySNP)
calculateQCarray()所属R语言包：beadarraySNP

                                         Retrieve QC information from a SnpSetIllumina object
                                         检索QC从SnpSetIllumina对象信息

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Retrieves QC and identifying information of Illumina Sentrix arrays.
检索QC和确定Illumina的Sentrix阵列的信息。


用法----------Usage----------


calculateQCarray(object, QCobject = NULL, arrayType="Sentrix96")



参数----------Arguments----------

参数：object
SnpSetIllumina object. Should contain information  of a single Sentrix array and a single type of OPA panel
SnpSetIllumina对象。应包含的信息单一Sentrix阵列和单一类型的OPA面板


参数：QCobject
QCIllumina-class object: If set the information in the object  is amended with data from the SnpSetIllumina object
QCIllumina-class对象：如果设置在对象的信息修正数据从SnpSetIllumina对象的


参数：arrayType
character, see arrayType
性格，看到arrayType


Details

详情----------Details----------

Sample summary values are mapped to the physical layout of the  Sentrix array using the Row and Col columns of the phenoData  slot. These will be available when read.SnpSetIllumina is used  to create SnpSetIllumina objects.<br> Use successive calls to calculateQCarray to process Sentrix arrays  with multiple probe panels.
样品汇总值映射到的Sentrix阵列的物理布局，使用Row和ColphenoData插槽的列。这些都将是可用的，当read.SnpSetIllumina用于创建SnpSetIllumina对象。参考使用连续调用calculateQCarray处理与多个探针板Sentrix阵列。

If data is read using a samplesheet that defines manifest files it is possible to handle  data with multiple manifests and/or multiple Sentrix arrays
如果数据读取定义列表文件使用samplesheet是有可能的处理与多个舱单和/或多个Sentrix阵列数据


值----------Value----------

A QCIllumina object, when multiple arrays were combined a list of QCIllumina objects
一个QCIllumina对象，当多个阵列合并QCIllumina对象名单


作者（S）----------Author(s)----------


Jan Oosting



参见----------See Also----------

link{QCIllumina-class}, link{reportSamplePanelQC}, link{plotQC}
link{QCIllumina-class}，link{reportSamplePanelQC}，link{plotQC}


举例----------Examples----------


  ## Not run: QC&lt;-calculateQCarray(data.raw1)[＃不运行：QC <calculateQCarray（data.raw1）]
  ## Not run: QC&lt;-calculateQCarray(data.raw2,QC)[＃无法运行：QC <-calculateQCarray（data.raw2，QC）]

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