R语言 beadarraySNP包 calculateLOH()函数中文帮助文档(中英文对照)

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calculateLOH(beadarraySNP)
calculateLOH()所属R语言包：beadarraySNP

                                        Determine LOH in experiment
                                         确定在实验蕙

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Using pairings of normal and tumor samples the LOH pattern is determined
使用正常和肿瘤样本配对蕙模式确定


用法----------Usage----------


calculateLOH(object, grouping, NorTum = "NorTum", ...)
calculateLair(object, grouping = NULL, NorTum = "NorTum", min.intensity = NULL,
    use.homozygous.avg = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：object
SnpSetIllumina object
SnpSetIllumina对象


参数：grouping
Factor to show which samples belong together (are of the  same individual)
因素，表明该样品属于一起（同一个人）


参数：NorTum
character vector or factor. Elements containing "N" are considered  to be the normal sample
特征向量或因素。包含“N”的元素被认为是正常的样本


参数：min.intensity
numeric
数字


参数：use.homozygous.avg
logical
逻辑


参数：...
extra arguments for link{heterozygousSNPs}
额外的参数link{heterozygousSNPs}


Details

详情----------Details----------

The heterozygous SNPs of the normal sample are inspected for changes. SNPs where the genotype of the test sample are homozygous are set to TRUE
杂合子的SNPs的正常样本进行检查变化。单核苷酸多态性试验样品的基因型是纯合的设置TRUE


值----------Value----------

For calculateLOH a SnpSetIllumina object with loh and nor.gt matrices in assayData.  loh is a logical matrix, and nor.gt is a character matrix containing the genotypes of the corresponding normal sample For calculateLair a SnpSetIllumina object with lair matrix in assayData. lair is the lesser allele intensity ratio. If a corresponding normal sample is found, it is taken as reference. Else the genotypes of normal samples are taken as a reference
为calculateLOH与loh和nor.gt在assayData的矩阵SnpSetIllumina对象。 loh是一个逻辑矩阵，和nor.gt是一个字符矩阵包含calculateLair相应的正常样本的基因型与：lair矩阵assayData SnpSetIllumina对象。巢穴是较小等位基因强度比。如果相应的正常样本被发现，它是作为参考。其他正常样本的基因型作为参考


作者（S）----------Author(s)----------


Jan Oosting



参见----------See Also----------

SnpSetIllumina-class
SnpSetIllumina-class

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注：
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