R语言 BCRANK包 BCRANKsearch-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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BCRANKsearch-class(BCRANK)
BCRANKsearch-class()所属R语言包：BCRANK

                                        Class "BCRANKsearch"
                                         类“BCRANKsearch”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Holds the whole search path from a single bcrank run. Each individual search step is stored in a BCRANKmatch-class object.  Several objects of this class are collected in a
持有从一个单一的bcrank运行的整个搜索路径。 BCRANKmatch-class对象存储在每一个人的搜索步骤。收集在一个这个类的多个对象


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects are not intended to be created directly but as a result from running bcrank.
直接创建从运行bcrank的结果，但不打算对象。


插槽----------Slots----------




searchPath: a collection of BCRANKmatch-class objects, ontaining all bcrank search steps from a start guess to a
searchPath：BCRANKmatch-class对象的集合，从一开始的所有ontaining bcrank搜索步骤猜测到




final: a BCRANKmatch-class object for the
final：BCRANKmatch-class对象




finalPWM: position weight matrix for the highest
finalPWM：位置最高的权重矩阵




finalNrMatch: number of occurrences of the final
finalNrMatch：最后出现的数量




nrIterations: number of iterations required to move
nrIterations：移动所需的迭代次数


方法----------Methods----------




searchPath signature(object = "BCRANKsearch", i=NULL): If i is NULL, returns a data frame containing consensus and score for the whole search path. Otherwise, the i'th
SearchPath中的signature(object = "BCRANKsearch", i=NULL)如果i是NULL，返回一个数据框包含的共识，为整个搜索路径得分。否则，在第i个




pwm signature(object = "BCRANKsearch", normalize=TRUE): Returns the position weight matrix (pwm) for the highest scoring consensus in this bcrank run. Matrix positions are between between 0 and 1 when normalize
PWMsignature(object = "BCRANKsearch", normalize=TRUE)：返回的位置权重矩阵（PWM），得分最高的共识，为在此bcrank来看。矩阵的立场是介于0和1之间时normalize




plot signature(x = "BCRANKsearch", y = "missing"):
图signature(x = "BCRANKsearch", y = "missing")：


作者（S）----------Author(s)----------


Adam Ameur, <a href="mailto:adam.ameur@genpat.uu.se">adam.ameur@genpat.uu.se</a>



参见----------See Also----------

bcrank, BCRANKmatch-class, BCRANKresult-class
bcrank，BCRANKmatch-class，BCRANKresult-class

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注：
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