bcrank(BCRANK)
bcrank()所属R语言包：BCRANK
BCRANK: predicting binding site consensus from ranked DNA sequences
BCRANK：预测排列的DNA序列的结合位点共识
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function implements an algorithm for detection of short DNA sequences that are overrepresented in some part of the list. Starting from some initial consensus DNA sequence coded in IUPAC symbols, the method uses a heuristic search to improve the consensus until a local optimum is found. Individual predicted binding sites can be reported by the function matchingSites.
此功能实现了一个短的DNA序列，在列表的某些部分超额的检测算法。从一些初步共识DNA序列编码的IUPAC符号开始，该方法采用了启发式搜索，以提高共识，直到找到一个局部最优。个人预测结合位点，可以通过函数matchingSites报道。
用法----------Usage----------
bcrank(fafile, startguesses=c(), restarts=10, length=10,
reorderings=500, silent=FALSE, plot.progress=FALSE,
do.search=TRUE, use.P1=FALSE, use.P2=TRUE, strip.desc=TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：fafile
a ranked fasta file containing DNA sequences.
排名含有DNA序列的FASTA文件。
参数：startguesses
a character vector with consensus sequences in IUPAC coding to be used as starting sequences in the search. If empty, random start guesses will be generated.
一个共识，在国际化联编码序列被用于开始在搜索序列的特征向量。如果为空，将产生随机开始猜测。
参数：restarts
number restarts of the algorithm when using random start guesses.
算法重新启动时，使用随机启动的猜测。
参数：length
legth of random start guess.
随机启动legth猜测。
参数：reorderings
number of random reorderings of the DNA sequences performed when calculating score.
的DNA序列的随机reorderings数计算得分时执行。
参数：silent
reports progress status if FALSE.
如果为FALSE报告进度情况。
参数：plot.progress
if TRUE, the progress is displayed in a plot.
如果为TRUE，进度显示在一个图。
参数：do.search
if FALSE, no search is performed. In that case the start guesses are assigned with scores and reported as results.
如果为FALSE，没有执行搜索。在这种情况下，开始猜测分配分数和结果报告。
参数：use.P1
Use penalty for bases other than A,C,G,T.
使用为碱基，C，G T.以外的刑罚
参数：use.P2
Use penalty for motifs matching repetitive sequences.
使用图案匹配的重复序列的罚款。
参数：strip.desc
An argument used by the function readFASTA(). It specifies whether or not the ">" marking at the beginning of description lines should be removed.
参数功能readFASTA()。这说明行的开始“>”标记指定是否应删除。
值----------Value----------
The method returns an objcet of class BCRANKresult-class.
该方法返回一个类BCRANKresult-classobjcet。
作者（S）----------Author(s)----------
Adam Ameur, <a href="mailto:adam.ameur@genpat.uu.se">adam.ameur@genpat.uu.se</a>
参考文献----------References----------
C. Identification of candidate regulatory SNPs by combination of transcription factor binding site prediction, SNP genotyping and haploChIP. Nucleic Acids Res, 2009, 37(12):e85.
参见----------See Also----------
matchingSites, BCRANKresult-class
matchingSites，BCRANKresult-class
举例----------Examples----------
## Load example fasta file [＃加载例如FASTA文件。]
fastaFile <- system.file("Exfiles/USF1_small.fa", package = "BCRANK")
## Run BCRANK[＃运行BCRANK]
## Not run: BCRANKout <- bcrank(fastaFile, restarts=20)[＃无法运行：BCRANKout < - bcrank（fastaFile，重新启动= 20）]
## Show BCRANK results[＃显示BCRANK结果]
toptable(BCRANKout)
## The top scoring result[＃得分最高的结果]
topMotif <- toptable(BCRANKout,1)
## Plot BCRANK search path[＃图BCRANK搜索路径]
plot(topMotif)
## Position Weight Matrix[＃位置权重矩阵]
pwm(topMotif, normalize=FALSE)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 12:33:36
