baySeq-classes(baySeq)
baySeq-classes()所属R语言包：baySeq
baySeq - classes
baySeq - 类
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The countData class is used to define summaries of count data and establishing prior and posterior parameters on distributions defined upon the count data.
countData类是用来定义计数数据和建立前，后定义后，计数数据分布参数的摘要。
插槽----------Slots----------
Objects of the 'countData' class should contain the following components:
'countData'类的对象应包含以下组件：
Count data (matrix).
统计数据（矩阵）。
Vector of library size for each sample.
矢量库，每个样品的大小。
Annotation data for each count (data.frame).
每项罪名的诠释数据（数据框）。
Details
详情----------Details----------
The seglens slot describes, for each row of the data object, the length of the 'segment' that contains the number of counts described by that row. For example, if we are looking at the number of hits matching genes, the seglens object would consist of transcript lengths. Exceptionally, we may want to use different segment lengths for different samples and so the slot takes the form of a matrix. If the matrix has only one column, it is duplicated for all samples. Otherwise, it should have the same number of columns as the '@data' slot. If the slot is the empty matrix, then it is assumed that all segments have the same length.
seglens插槽介绍，为data对象，“段”，包含了该行所描述的罪名数量的长度的每一行。例如，如果我们都在寻找匹配基因的命中数量，seglens对象将包括转录长度。在特殊情况下，我们可能要使用不同样品的不同段长度等插槽采用矩阵形式。如果矩阵只有一列，它是对所有样品重复。否则，它应该有相同的列数为“@数据插槽。如果插槽是空的矩阵，那么它假设所有段具有相同的长度。
方法----------Methods----------
The standard methods 'new', 'dim', '[', 'show' and 'rbind' have been defined for this class. The methods 'groups', 'groups<-', 'replicates' and 'replicates<-' have also been defined in order to access and modify these slots, and their use is recommended.
已定义的标准方法的新的dim，[，表演和rbind“这一类。的方法团体，组< - ，复制和复制< - 也被定义为了访问和修改这些插槽，并建议其使用。
作者（S）----------Author(s)----------
Thomas J. Hardcastle
举例----------Examples----------
#load test data[加载测试数据]
data(simData)
# Create a 'countData' object from test data.[创建一个“countData从测试数据的对象。]
replicates <- c("simA", "simA", "simA", "simA", "simA", "simB", "simB", "simB", "simB", "simB")
groups <- list(NDE = c(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1), DE = c(1,1,1,1,1,2,2,2,2,2))
CD <- new("countData", data = simData, replicates = replicates, groups = groups)
#estimate library sizes for countData object[估计countData对象库大小]
CD@libsizes <- getLibsizes(CD)
CD[1:10,]
dim(CD)
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注：
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发表于 2012-2-25 12:31:42
