R语言 BayesPeak包 read.bed()函数中文帮助文档(中英文对照)

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read.bed(BayesPeak)
read.bed()所属R语言包：BayesPeak

                                        BayesPeak - Bayesian analysis of ChIP-seq data
                                         BayesPeak  -  SEQ芯片数据的贝叶斯分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Read a .bed file into a data frame, but only the chr, start, end and strand columns.
读取到一个数据框。床的文件，但只CHR，开始，结束和钢绞线列。


用法----------Usage----------


read.bed(filename, chr)



参数----------Arguments----------

参数：filename
Character - The path to the .bed file in question.  
字符 - 床问题的文件的路径。


参数：chr
Character vector, specifying which chromosomes to read in. Chromosome names must be specified exactly as they appear in the .bed files.  If chr is missing, then read.bed will read in the entire data set.  
特征向量，指定读入染色体染色体名称必须指定完全一样。床文件中出现。 chr如果缺少，然后read.bed将读取整个数据集。


Details

详情----------Details----------

The purpose of this function is to extract 4 columns from a bed file: chromosome, start, end and strand. These are assumed to be in columns 1, 2, 3 and 6 respectively.
此功能的目的是提取4列从床上文件：染色体，起点，终点和钢绞线。这些假设分别列1，2，3和6。

If the first line begins with "track" then it will be skipped.
如果第一行开始的“轨道”，那么它将被跳过。

The strand sense is expected to be given as "+"/"-".
预计要为“+”/“ - ”链感。


值----------Value----------

A RangedData object, split into spaces by chromosome. This object has a "strand" data track.
一个RangedData对象，分为由染色体的空间。这个对象有一个“链”跟踪数据。

See the IRanges package vignette for more information.
有关详细信息，请参阅IRanges包小插曲。


作者（S）----------Author(s)----------



Jonathan Cairns




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

bayespeak.
bayespeak。


举例----------Examples----------


dir <- system.file("extdata", package="BayesPeak")
file <- file.path(dir, "H3K4me3reduced.bed")

treatment <- read.bed(file)
treatment

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