R语言 attract包 removeFlatGenes()函数中文帮助文档(中英文对照)

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removeFlatGenes(attract)
removeFlatGenes()所属R语言包：attract

                                         Flags a set of genes which demonstrates little variation across the celltypes or experimental groups of interest.
                                         标记的基因，它演示整个celltypes或实验组的利益的变化不大。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function uses a linear model set up in limma to assess the degree of association between celltype and a gene's expression  profile. In this way, we can flag those genes whose profiles show very little change across different celltype groups, or in other words  are "flat".
使用此功能设置在limma评估之间的关联度和celltype一个基因的表达谱的线性模型。在这种方式中，我们可以标记基因，其剖面显示在不同celltype组非常小的变化，或者换句话说是“扁平化”。


用法----------Usage----------


removeFlatGenes(eSet, cellTypeTag, contrasts = NULL, limma.cutoff = 0.05, ...)



参数----------Arguments----------

参数：eSet
ExpressionSet object.  
ExpressionSet对象。


参数：cellTypeTag
character string of the variable name which stores the cell-lineages or experimental groups of interest for the samples in the data set  (this string should be one of the column names of pData(myEset)).     
字符串的变量名，其中存储的数据集的样本（这个字符串应该是一个的PDATA（myEset）列名）的单元谱系或实验组的利益。


参数：contrasts
optional vector of contrasts that specify the comparisons of interest. By default, all comparisons between the differnt groups are generated.   
可选向量指定的比较利益的反差。默认情况下，会产生不同的充组之间所有的比较。


参数：limma.cutoff
numeric specifying the P-value cutoff. Genes with P-values greater than this value are considered "flat" and will be included in the  set of flat genes.   
数字指定的P-值截止。 P值大于该值的基因被认为是“平”，将在平基因组包含。


参数：...
additional arguments.  
额外的参数。


Details

详情----------Details----------

Flat genes are removed from the analysis after the core attractor pathway modules are first inferred (i.e. the findAttractors step).
核心吸引通路模块后，首先推断（即findAttractors一步），平坦的基因是从分析中删除。


值----------Value----------

A vector with gene names (as defined in the eset) of those genes with expression profiles that hardly vary across  different celltype or experimental groups.
一个vector难以跨越的不同celltype或实验组不同的表达谱基因名称，这些基因的（ESET定义）。


作者（S）----------Author(s)----------



Jessica Mar




参考文献----------References----------




举例----------Examples----------


data(subset.loring.eset)
remove.these.genes <- removeFlatGenes(subset.loring.eset, "celltype", contrasts=NULL, limma.cutoff=0.05)

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