R语言 attract包 findSynexprs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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findSynexprs(attract)
findSynexprs()所属R语言包：attract

                                         This function finds the synexpression groups present within a core attractor pathway module.
                                         此功能找到synexpression组内的核心吸引通路模块。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes the modules that were inferred from the GSEA step using (findAttractors) and finds a set of transcriptionally   coherent set of genes associated with a particular core attractor pathway, i.e. the synexpression groups.
此功能模块（findAttractors），并发现一套相干组与特定的核心吸引通路相关基因转录，即synexpression的群体，是从GSEA一步推断。


用法----------Usage----------


findSynexprs(pathwayIds, myAttractorModuleSet, removeGenes = NULL, min.clustersize = 5, ...)



参数----------Arguments----------

参数：pathwayIds
either a single character string or vector of character strings denoting the KEGG IDs of the pathway modules to be analyzed.   
无论是单个字符的字符串或vector表示KEGG通路的标识字符字符串模块进行分析。


参数：myAttractorModuleSet
AttractorModuleSet object, output of the findAttractors step.  
AttractorModuleSet对象，输出findAttractors一步。


参数：removeGenes
vector of gene names that specify those genes who demonstrate little variability across the different celltypes and thus should be removed from  downstream analysis.   
vector指定谁演示跨不同celltypes小的变异，因此应删除下游分析这些基因的基因名称。


参数：min.clustersize
integer specifying the minimum number of genes that must be present in clusters that are inferred.   
integer指定最低的基因数量，必须在目前推断聚类。


参数：...
additional arguments.   
额外的参数。


Details

详情----------Details----------

This function performs a hierarichical cluster analysis of the genes in a core attractor pathway module, and uses an informativeness metric  to determine the number of optimal clusters (syenxpression groups) that describe the data.
执行此功能的核心吸引通路模块的基因hierarichical聚类分析，并使用信息量度量，以确定最佳聚类（syenxpression组），描述了数据的数量。


值----------Value----------

If a single KEGG ID is specified in pwayIds, then a SynExpressionSet object is returned.  If a multiple KEGG IDs are specified, then an environment object is returned where the keys are labeled "pwayKEGGIDsynexprs"  (e.g. for MAPK KEGGID = 04010, the key is pway04010synexprs). The value associated with each key is a SynExpressionSet object.  
如果指定单一KEGG IDpwayIds，则SynExpressionSet对象返回。如果指定多个KEGG标识，然后返回键都标有“pwayKEGGIDsynexprs”（如MAPK的KEGGID = 04010，关键是pway04010synexprs）环境对象。与每个键关联的值是一个SynExpressionSet对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Jessica Mar




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


data(subset.loring.eset)
attractor.states <- findAttractors(subset.loring.eset, "celltype", nperm=10, annotation="illuminaHumanv1.db")
remove.these.genes <- removeFlatGenes(subset.loring.eset, "celltype", contrasts=NULL, limma.cutoff=0.05)
mapk.syn <- findSynexprs("04010", attractor.states, remove.these.genes)
top5.syn <- findSynexprs(attractor.states@rankedPathways[1:5,1], attractor.states, removeGenes=remove.these.genes)

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