R语言 ArrayTools包 selectSigGeneInt()函数中文帮助文档(中英文对照)

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selectSigGeneInt(ArrayTools)
selectSigGeneInt()所属R语言包：ArrayTools

                                        select differentially expressed genes from the interactionResult class
                                         选择差异表达基因从interactionResult类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

select differentially expressed genes based on p value and/or fold change  from the interactionResult class
根据P值和/或倍从interactionResult类变化，选择差异表达的基因


用法----------Usage----------


selectSigGeneInt(object, pGroup = 0.05, fcGroup = 0, pMain = 0.05, fcMain = 0)



参数----------Arguments----------

参数：object
an interactionResult class
一个interactionResult类


参数：pGroup
the p value that used  to select significant genes at each level of the covariate
p值，用来选择在每个协变量的水平显着的基因


参数：fcGroup
the fold change value that used  to select significant genes at each level of the covariate
褶皱的变化值，用来选择在每个协变量的水平显着的基因


参数：pMain
the p values  that used to select significant genes among genes without any interaction effect
p值选择基因之间没有任何互动效应显着的基因


参数：fcMain
the fold change values that used to select significant genes among genes without any interaction effect
褶皱的变化值，选择基因之间没有任何互动效应显着的基因


值----------Value----------

an interactionResult
1 interactionResult


作者（S）----------Author(s)----------


Xiwei Wu, Arthur Li



举例----------Examples----------


data(eSetExample)
design.int<- new("designMatrix", target=pData(eSetExample), covariates = c("Treatment", "Group"),
    intIndex = c(1, 2))
contrast.int<- new("contrastMatrix", design.matrix = design.int, interaction=TRUE)
result.int<- regress(eSetExample, contrast.int)
sigResult.int <- selectSigGene(result.int)
intResult <- postInteraction(eSetExample, sigResult.int, mainVar ="Treatment",
   compare1 = "Treated", compare2 = "Control")
sigResultInt <- selectSigGeneInt(intResult)

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