R语言 spacodiR包 spacodi.treeplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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spacodi.treeplot(spacodiR)
spacodi.treeplot()所属R语言包：spacodiR

                                        EXPERIMENTAL: plotting diversity turnover on trees
                                         实验：绘制树木多样性营业额

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

spacodi.treeplot is used to plot departures from expectations for diversity turnover on a phylogeny
spacodi.treeplot的图出发多样性营业额的预期上的亲缘关系


用法----------Usage----------


spacodi.treeplot(spacodi.permutations, phy, cex=list(pch = 1.5, tip = 0.5, legend = 0.75), transp=0.8, sig.plot = TRUE, cut.off = 0.05, cols = list("white", "gray", "black"), main = TRUE, outfile = NULL, add.id = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：spacodi.permutations
a list-object generated by spacodi.by.nodes
列表的对象所产生的spacodi.by.nodes


参数：phy
a phylogenetic tree of class phylo; see read.tree
类的进化树phylo; read.tree


参数：cex
a named list of character scalings for node-associated symbols (pch), tip labels (tip), and the legend (legend)
命名列表的字符定标节点关联的符号（pch），提示标签（tip），和传说（legend）


参数：transp
degree of color transparency: transp=1 is opaque
颜色透明程度：transp=1是不透明的


参数：sig.plot
Boolean; whether nodes are colored by significance of observed and expected estimates of structure
布尔节点是否是彩色的意义结构的观察值和期望值的估计


参数：cut.off
a value, if sig.plot=TRUE, distinguishing observed from expected estimates of structure
一个值，如果sig.plot=TRUE，区分观察到结构的预期估计


参数：cols
a list of three elements if using sig.plot: the first color is for values not different than expected; the second and third for values greater and less than expected
三个元素的列表，如果使用sig.plot：所述第一颜色是不不同的比预期值;值大于和小于预期的第二和第三


参数：main
Boolean; whether a title is plotted
布尔是否绘制一个标题


参数：outfile
an optional .pdf file to which to write output
一个可选的PDF格式的文件，将输出写入


参数：add.id
Boolean; whether node.labels are placed near nodes; see nodelabels
布尔是否node.labels节点放置在靠近nodelabels


参数：...
additional plotting parameters to be optionally supplied
额外的绘制参数被任意供给


Details

详细信息----------Details----------

This function will compute and plot estimates of diversity structure on the tree, with color-coded values.
此功能将计算和绘制估计的多样性结构在树上，用颜色编码的值。

Note: this function requires a spacodi.permutations with data for all nodes.  If using, for instance, spacodi.by.nodes to generate these data, the option obs.only=TRUE will ensure that data are returned for all nodes (see <STRONG>Examples</STRONG> below).
注：此功能需要一个spacodi.permutations的所有节点的数据。例如，如果使用，spacodi.by.nodes产生这些数据，选项“obs.only=TRUE将确保返回数据的所有节点（见<STRONG>的例子</ STRONG>以下）。


值----------Value----------

a plot of diversity structure estimates for a phylogeny, with the option to direct output to a .pdf file
一块多样性结构估计的亲缘关系，可以选择直接输出到PDF格式的文件


（作者）----------Author(s)----------


Timothy Paine and Jonathan Eastman



参考文献----------References----------

phylogenetic structure of communities by an additive partitioning of  phylogenetic diversity. Journal of Ecology 95:493-506.
structure of local communities: statistical performances of  different null models and test statistics on a locally neutral  community. Journal of Ecology 96:914-926.

参见----------See Also----------

see spacodi.by.nodes for estimating phylogenetic turnover on trees with community-level sampling;
看到spacodi.by.nodes，估计亲缘营业额在树上社区级抽样;


实例----------Examples----------


data(sp.example)
attach(sp.example)

# plot PIst [图PIST]
PI=spacodi.by.nodes(sp.plot=spl, sp.parm="PIst", phy=phy, return.all=TRUE, method="1s")
spacodi.treeplot(PI, phy, sig.plot=TRUE, add.id=FALSE)
spacodi.treeplot(PI, phy, sig.plot=FALSE, add.id=FALSE)



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