R语言 spacodiR包 spacodi.permutplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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spacodi.permutplot(spacodiR)
spacodi.permutplot()所属R语言包：spacodiR

                                        EXPERIMENTAL: plotting observed and expected community structure across branching times of a phylogeny
                                         实验：绘制观察值和期望值社会结构，整个系统发育的分支倍

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

spacodi.permutplot is a function used to plot departures from null expectations of diversity turnover, nodewise for a phylogeny.
spacodi.permutplot是使用的函数图出发，从空预期的多样性的营业额nodewise的亲缘关系。


用法----------Usage----------


  spacodi.permutplot(spacodi.permutations, cex=list(pch=1.5, rand=0.1, node=0.5, legend=0.75), transp=0.8, col = list("black", "lightgray"),
  bg = list("white", "lightgray", "black"), all.points = TRUE, add.id = TRUE, sig.plot = TRUE, cut.off = 0.05, envelope = FALSE, outfile = NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：spacodi.permutations
a list-object generated by spacodi.by.nodes  
列表的对象所产生的spacodi.by.nodes


参数：cex
a named list of scalings for node symbols (pch), permutations (rand), node labels, and legend
氧化皮节点符号（pch），排列（rand）node的标签，和legend的命名列表


参数：transp
degree of color transparency: transp=1 is opaque
颜色透明程度：transp=1是不透明的


参数：col
a list of two elements: colors to be used for plotting observed and expected community structure
一个两个元素的列表：用于绘制观察到的和预期的社会结构中的色彩


参数：bg
a list of background (fill) colors to be used for plotting observed and expected community structure
要用于绘制观察值和期望值群落结构的列表，背景（填料）的颜色


参数：all.points
Boolean; whether all permutation estimates are to be plotted
布尔是否要绘制的所有置换的估计是


参数：add.id
Boolean; whether node.labels are placed near nodewise estimates of community structure
布尔是否node.labels附近放置nodewise估计群落结构


参数：sig.plot
Boolean; whether nodes are colored by significance of observed and expected estimates of structure
布尔节点是否是彩色的意义结构的观察值和期望值的估计


参数：cut.off
a value, if sig.plot=TRUE, distinguishing observed from expected estimates of structure
一个值，如果sig.plot=TRUE，区分观察到结构的预期估计


参数：envelope
Boolean; whether a smooth-spline envelope is drawn around permutation estimates of structure
布尔是否光滑样条包络周围绘制排列结构的估计


参数：outfile
an optional .pdf file to which to write output
一个可选的PDF格式的文件，将输出写入


参数：...
additional plotting parameters to be optionally supplied
额外的绘制参数被任意供给


Details

详细信息----------Details----------

This function generates a plot of diversity turnover, evaluated for each subtree of the supplied phylogeny.  If all.points=TRUE, empirical estimates of structure as well as those expected from permuted community datasets are plotted together.  Several methods are available for data permutation when using spacodi.by.nodes, typically the function used  to generate spacodi.permutations.
这个函数生成一个图，评估每个子树所提供的系统发育多样性的营业额。如果all.points=TRUE，经验估计的结构，以及预期的置换社会数据集一起图。有几种方法可用于数据交换时使用spacodi.by.nodes，通常使用的函数生成spacodi.permutations。


值----------Value----------

a plot of diversity structure estimates for a phylogeny, with the option to direct output to a .pdf file
一块多样性结构估计的亲缘关系，可以选择直接输出到PDF格式的文件


（作者）----------Author(s)----------


Jonathan Eastman



参见----------See Also----------

spacodi.calc for further details on diversity structure; spacodi.by.nodes; smooth.spline
spacodi.calc多样性结构的进一步详情; spacodi.by.nodes; smooth.spline


实例----------Examples----------


# load a species-by-plots matrix, along with a tree[加载一个物种的图的矩阵，沿树]
data(sp.example)
attach(sp.example)
spl
phy

# generate a plot of observed and expected Bst[产生积的观察和预期的BST]
sp.permut=spacodi.by.nodes(sp.plot=spl, phy=phy, n.rep=10)
spacodi.permutplot(sp.permut,bty="n")

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