R语言 spacodiR包 match.spacodi.data()函数中文帮助文档(中英文对照)

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match.spacodi.data(spacodiR)
match.spacodi.data()所属R语言包：spacodiR

                                        pruning a tree to match datasets used in SPACoDi
                                         修剪一棵树，以配合使用的数据集在SPACoDi

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

match.spacodi.data is a utility for automating the process of pruning datasets for use in spacodiR. Note that nearly all spacodiR functions require that
match.spacodi.data是一个实用程序，用于过程自动化的修剪数据集用于在spacodiR。需要注意的是几乎所有的spacodiR功能要求，


用法----------Usage----------


match.spacodi.data(sp.plot, phy=NULL, sp.traits=NULL, prune=TRUE, verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：sp.plot
a community dataset in spacodiR format (see as.spacodi)
社区spacodiR格式的数据集（见as.spacodi）


参数：phy
a phylogenetic tree of class phylo; see read.tree
类的进化树phylo; read.tree


参数：sp.traits
a species-by-trait(s) dataframe
一个物种的性状（S）数据框


参数：prune
Boolean; whether plots with fewer than two species sampled are pruned
布尔少于两个品种的图是否采样修剪


参数：verbose
Boolean; whether dropped plots are written to the console
布尔下降图是否被写入到控制台


值----------Value----------

A list of pruned dataset(s):
修剪数据集的列表（S）：

sp.plot
sp.plot

sp.tree
sp.tree

sp.traits
sp.traits

Note: if prune=TRUE, the list of plots pruned will be printed to the console.
注：如果prune=TRUE，修剪图的列表将被打印到控制台。


（作者）----------Author(s)----------


Jonathan Eastman



实例----------Examples----------


# load a species-by-plots matrix, along with a tree[加载一个物种的图的矩阵，沿树]
data(sp.example)
attributes(sp.example)
attach(sp.example)
spl
phy
trt

# prune out undersampled plots[修剪不足图]
spl[,2]=0
match.spacodi.data(spl) -> sp.plot.new
sp.plot.new


# match datasets where sp.traits is smaller than the remainder[匹配的数据集，其中sp.traits小于其余]
match.spacodi.data(sp.plot=spl, phy=phy, sp.traits=trt[1:6,])
                                                       

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注：
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