R语言 arrayQuality包 spotQuality()函数中文帮助文档(中英文对照)

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spotQuality(arrayQuality)
spotQuality()所属R语言包：arrayQuality

                                        Diagnostic plots and comparative boxplots for general
                                         一般比较诊断图和盒状图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This component provides qualitative diagnostic plots and quantitative measures for assessing general hybridization quality. All results are displayed in a HTML report. Spot format only.
此组件提供定性诊断图和一般杂交质量评估的定量措施。所有的结果都显示在一个HTML报告。只有现货格式。


用法----------Usage----------



spotQuality(fnames = NULL, path = ".", galfile = NULL, organism = c("Mm", "Hs"),
compBoxplot = TRUE, reference = NULL, controlMatrix = controlCode,
controlId = c("ID"), output = FALSE, resdir = ".", dev= "png", DEBUG = FALSE,...)



参数----------Arguments----------

参数：fnames
A "character" string naming the input files.
一个“字符”字符串，命名输入文件。


参数：path
A "character" string representing the data directory.  By default this is set to the current working directory (".").
一个“字符”字符串表示的数据目录。默认情况下，这是设置为当前工作目录（“。”）。


参数：galfile
A "character" string naming the galfile associated with the input files. If galfile = NULL, spotQuality will use the first .gal file available in the working directory.
一个“字”的字符串，命名与输入文件相关的galfile。如果galfile =空，spotQuality将使用第一。加仑的文件在工作目录。


参数：organism
A "character" string naming the organism genome printed on the array, either "Mm" or "Hs". By default, organism is set to "Mm". It is used to retrieve the corresponding reference tables.
一个“字符”字符串命名的生物体的基因组阵列上，无论是“MM”或“HS”。默认情况下，机体被设置为“MM”。它是用来检索相应的参考表。


参数：compBoxplot
Logical. If set to 'FALSE', only qualitative diagnostic plots will be plotted. gpQuality ouput will be limited to a diagnostic plot by gpr file and a marrayRaw object.
逻辑。如果设置为“假”，只有定性诊断的图将被绘制。 gpQuality输出中，将有限，GPR文件和marrayRaw的对象由诊断图。


参数：reference
A matrix resulting from globalQuality, to be used as reference table to compare slides. If 'NULL', the default table corresponding to organism will be used. See details for more information.
矩阵从globalQuality的，作为参考表用来比较的幻灯片。如果“NULL”，默认的表对应有机体将被使用。详情请参阅更多信息。


参数：controlMatrix
A character matrix of n by 2 columns. The first column contains a few regular expression of spotted probe sequences and the second column contains the corresponding control status.
n字符由2列的矩阵。第一列包含几个斑点探针序列的正则表达式，第二列包含相应的控制状态。


参数：controlId
Character string. Name of the column of the gpr file used to define controls.
字符串。 GPR文件用来定义控件的列名称。


参数：output
Logical. If 'TRUE', normalized M values corresponding to the input GenePix files and quality measures are printed to a file.
逻辑。如果“TRUE”，相应的输入GenePix文件和质量的措施标准化的M值都印到一个文件。


参数：resdir
A "character" string representing the directory where the results will be saved. By default, this is set to the current working directory (".").  
一个“字符”字符串表示的结果将被保存的目录。默认情况下，这是设置为当前工作目录（“。”）。


参数：dev
A "character" string naming the graphics device. This will take arguments "png", "jpeg" and "ps" only. By default, dev is set to "png".
一个“字符”字符串命名的图形设备。这将带参数的“PNG”，“JPEG”和“PS”只。默认情况下，开发设置“PNG”。


参数：DEBUG
If 'TRUE', debug statements are printed.
如果“TRUE”，打印调试语句。


参数：...
additional arguments
额外的参数


Details

详情----------Details----------

agQuality returns 2 plots for each Agilent files passed as argument. The first one is a qualitative diagnostic plot, a quick visual way to assess slide quality. The second one is a comparative boxplot: each quality control measure is compared to the range obtained for a database of 'good' slides used as reference. You can use your own set of references created using globalQuality passed in the arguments "reference", or use the reference QC values stored in the datasets MmReferenceDB and HsReferenceDB. All results and quality scores are gathered in a HTML report. For more details about the QC measures and the plots, please refer to the online manual.
agQuality返回作为参数传递的每个安捷伦文件2图。第一个是定性诊断的图，快速直观的方式来评估幻灯片质量。第二个是一个比较盒形图：每个质量控制措施进行比较的范围内获得一个好的幻灯片作为参考数据库。您可以使用您自己的一套创建使用引用globalQuality通过在参数“参考”，或使用参考的QC值存储的数据集MmReferenceDB和HsReferenceDB。所有的结果和质量分数都聚集在一个HTML报告。对于有关的质量控制措施和图的更多细节，请参考线上手册。


值----------Value----------

A list of 2 elements:
2个元素的列表：


参数：mraw
A marrayRaw object created from the input files.
从输入文件创建一个marrayRaw对象。


参数：quality
A matrix containing Quality Control measures for all slides.
矩阵包含质量控制措施，为所有的幻灯片。


作者（S）----------Author(s)----------


Agnes Paquet



参见----------See Also----------

globalQuality, qualBoxplot,
globalQuality，qualBoxplot

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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