R语言 SNPRelate包 snpgdsVCF2GDS()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

snpgdsVCF2GDS(SNPRelate)
snpgdsVCF2GDS()所属R语言包：SNPRelate

                                        Conversion from VCF to GDS
                                         从VCF转换，GDS

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Convert a VCF sequence file to a GDS file.
转换到GDS文件中的的VCF序列文件。


用法----------Usage----------


snpgdsVCF2GDS(vcf.fn, outfn.gds, nblock=1024, compress.annotation="ZIP.max",
        verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：vcf.fn
the file name of VCF format
VCF格式的文件名


参数：outfn.gds
the output gds file
输出GDS文件


参数：nblock
the buffer lines
缓冲区行


参数：compress.annotation
the compression flag of the nodes stored, except "genotype"; the string value is defined in the function of add.gdsn
压缩标志的存储节点，除了“基因型”的字符串值定义在add.gdsn的功能


参数：verbose
if TRUE, show information
如果为TRUE，显示信息


Details

详细信息----------Details----------

GDS – Genomic Data Structures, the extended file name used for storing genetic data, and the file format used in the gdsfmt package.
GDS  - 基因组数据结构，用于储存遗传数据，文件的扩展名和文件格式，用于在gdsfmt包。

VCF – The Variant Call Format (VCF), which is a generic format for storing DNA polymorphism data such as SNPs, insertions, deletions and structural variants, together with rich annotations.
VCF  - 的变量调用格式（VCF），这是一个通用的格式存储DNA多态性数据，如单核苷酸多态性，插入，删除和结构变异，加上丰富的注解。


值----------Value----------

None.
无。


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参考文献----------References----------

Danecek P, Auton A, Abecasis G, Albers CA, Banks E, DePristo MA, Handsaker RE, Lunter G, Marth GT, Sherry ST, McVean G, Durbin R; 1000 Genomes Project Analysis Group. Bioinformatics. 2011 Aug 1;27(15):2156-8. Epub 2011 Jun 7.


参见----------See Also----------

snpgdsBED2GDS, snpgdsGDS2PED
snpgdsBED2GDS，snpgdsGDS2PED


实例----------Examples----------


# The VCF file[VCF文件]
vcf.fn <- system.file("extdata", "sequence.vcf", package="SNPRelate")
readLines(vcf.fn)

snpgdsVCF2GDS(vcf.fn, "test.gds", verbose=TRUE)


# open "test.gds"[打开“test.gds”]
(genofile <- openfn.gds("test.gds"))

read.gdsn(index.gdsn(genofile, "sample.id"))
read.gdsn(index.gdsn(genofile, "snp.rs.id"))
read.gdsn(index.gdsn(genofile, "genotype"))

# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。