R语言 SNPRelate包 snpgdsSNPRateFreq()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsSNPRateFreq(SNPRelate)
snpgdsSNPRateFreq()所属R语言包：SNPRelate

                                         Allele Frequency, Minor Allele Frequency, Missing Rate of SNPs
                                         的单核苷酸多态性等位基因频率，次要等位基因频率，丢失率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculate the allele frequency, minor allele frequency and missing rate per SNP
计算等位基因频率，次要等位基因频率和漏检率每SNP


用法----------Usage----------


snpgdsSNPRateFreq(gdsobj, sample.id = NULL, snp.id = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：gdsobj
the gdsclass object in the gdsfmt package
gdsclass对象在gdsfmt包


参数：sample.id
a vector of sample id specifying selected samples; if NULL, all samples are used
一个向量的样品ID指定选取的样本，如果为NULL，所有样本都


参数：snp.id
a vector of snp id specifying selected SNPs; if NULL, all SNPs are used
一个向量指定选定的单核苷酸多态性SNP ID，如果为NULL，所有的SNP


值----------Value----------

Return a list:
返回一个列表：


参数：AlleleFreq
the allele frequencies
等位基因频率


参数：MinorFreq
the minor allele frequencies
次要等位基因频率


参数：MissingRate
the missing rates
丢失率


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参见----------See Also----------

snpgdsSampMissrate
snpgdsSampMissrate


实例----------Examples----------


# open an example dataset (HapMap)[打开示例数据集（人类基因组单体型图）]
genofile <- openfn.gds(snpgdsExampleFileName())

RV <- snpgdsSNPRateFreq(genofile)
hist(RV$AlleleFreq, breaks=128)
summary(RV$MissingRate)

# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)

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