R语言 SNPRelate包 snpgdsPCACorr()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsPCACorr(SNPRelate)
snpgdsPCACorr()所属R语言包：SNPRelate

                                         SNP correlation in principal component analysis
                                         SNP在主成分分析的相关性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

To calculate the SNP correlations between eigenvactors and SNP genotypes
要计算SNP之间的相关性eigenvactors和SNP基因型


用法----------Usage----------


snpgdsPCACorr(pcaobj, gdsobj, snp.id = NULL, eig.which = NULL, num.thread = 1, verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：pcaobj
the snpgdsPCAClass object returned from the function snpgdsPCA
的snpgdsPCAClass返回的对象的功能snpgdsPCA


参数：gdsobj
the gdsclass object in the gdsfmt package
gdsclass对象在gdsfmt包


参数：snp.id
a vector of snp id specifying selected SNPs; if NULL, all SNPs are used
一个向量指定选定的单核苷酸多态性SNP ID，如果为NULL，所有的SNP


参数：eig.which
a vector of integers, to specify which eigenvectors to be used
一个向量的整数，指定要使用的特征向量


参数：num.thread
the number of CPU cores used
CPU核心的数量


参数：verbose
if TRUE, show information
如果为TRUE，显示信息


值----------Value----------

Return a list:
返回一个列表：


参数：sample.id
the sample ids used in the analysis
在分析中使用的样品的id


参数：snp.id
the SNP ids used in the analysis
在分析中使用的SNP ID的


参数：snpcorr
a matrix of correlation coefficients, "# of eigenvectors" x "# of SNPs"
的相关系数的矩阵，“＃的特征向量的”x“＃中的单核苷酸多态性”的


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

snpgdsPCA, snpgdsPCASampLoading, snpgdsPCASNPLoading
snpgdsPCA，snpgdsPCASampLoading，snpgdsPCASNPLoading


实例----------Examples----------


# open an example dataset (HapMap)[打开示例数据集（人类基因组单体型图）]
genofile <- openfn.gds(snpgdsExampleFileName())
# get chromosome index[获得染色体指数]
chr <- read.gdsn(index.gdsn(genofile, "snp.chromosome"))

RV <- snpgdsPCA(genofile)
CORR <- snpgdsPCACorr(RV, genofile, eig.which=1:4)
plot(abs(CORR$snpcorr[3,]), xlab="SNP Index", ylab="PC 3", col=chr)

# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)

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