R语言 SNPRelate包 snpgdsIBDSelection()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsIBDSelection(SNPRelate)
snpgdsIBDSelection()所属R语言包：SNPRelate

                                         Get a table of IBD coefficients
                                         IBD系数表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Return a data frame with IBD coefficients.
返回数据框IBD系数。


用法----------Usage----------


snpgdsIBDSelection(ibdobj, kinship.cutoff=-1, samp.sel=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：ibdobj
an object of snpgdsIBDClass returned by snpgdsIBDMLE or snpgdsIBDMoM
snpgdsIBDClass的对象snpgdsIBDMLE或snpgdsIBDMoM返回


参数：kinship.cutoff
select the individual pairs with kinship coefficients >= kinship.cutoff
选择个人对亲属关系系数> = kinship.cutoff


参数：samp.sel
a logical vector or integer vector to specify selection of samples
逻辑向量或整数向量指定选择的样本


值----------Value----------

Return a data.frame:
返回一个数据框：


参数：sample1
the id of the first sample
第一个样品的id


参数：sample2
the id of the second sample
第二个样本的id


参数：k0
the probability of sharing ZERO alleles
下分享ZERO等位基因的概率


参数：k1
the probability of sharing ONE alleles
共用一个等位基因的概率


参数：kinshipcoeff
kinship coefficient
亲属关系系数


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参见----------See Also----------

snpgdsIBDMLE, snpgdsIBDMoM
snpgdsIBDMLE，snpgdsIBDMoM


实例----------Examples----------


# open an example dataset (HapMap)[打开示例数据集（人类基因组单体型图）]
genofile <- openfn.gds(snpgdsExampleFileName())

# YRI population[YRI人口]
YRI.id <- read.gdsn(index.gdsn(genofile, "sample.id"))[
        read.gdsn(index.gdsn(genofile, c("sample.annot", "pop.group")))=="YRI"]
pibd <- snpgdsIBDMoM(genofile, sample.id=YRI.id)
flag <- lower.tri(pibd$k0)
plot(NaN, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), xlab="k0", ylab="k1")
lines(c(0,1), c(1,0), col="red", lty=3)
points(pibd$k0[flag], pibd$k1[flag])

# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)

# IBD coefficient list[IBD系数列表]
dat <- snpgdsIBDSelection(pibd, 1/32)
#        sample1     sample2          k0          k1 kinshipcoeff[范例1范例K0 K1 kinshipcoeff]
# 1      NA19152     NA19154 0.010796493 0.981324805   0.24927055[1 NA19152 NA19154 0.010796493 0.981324805 0.24927055]
# 2      NA19139     NA19138 0.000000000 1.000000000   0.25000000[2 NA19139 NA19138 0.000000000 1.000000000 0.25000000]
# 3      NA19139     NA19137 0.008646155 0.989673572   0.24825853[3 NA19139 NA19137 0.008646155 0.989673572 0.24825853]
# 4      NA18912     NA18914 0.006489406 0.993510594   0.24837765[4 NA18912 NA18914 0.006489406 0.993510594 0.24837765]
# 5      NA19160     NA19161 0.006033827 0.977803758   0.25253215[5 NA19160 NA19161 0.006033827 0.977803758 0.25253215]
# ......[......]

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