R语言 SNPRelate包 snpgdsCreateGeno()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsCreateGeno(SNPRelate)
snpgdsCreateGeno()所属R语言包：SNPRelate

                                         Create a SNP genotype dataset from a matrix
                                         创建一个SNP基因型数据集从一个矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

To create a GDS file of genotypes from a matrix.
要创建一个矩阵的基因型GDS文件。


用法----------Usage----------


snpgdsCreateGeno(gds.fn, genmat, sample.id = NULL, snp.id = NULL, snp.rs.id = NULL,
        snp.chromosome = NULL, snp.position = NULL, snp.allele=NULL, snpfirstorder = TRUE,
        compress.annotation = "ZIP.max", compress.geno = "", other.vars = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：gds.fn
the file name of gds
的文件名，全球分销系统


参数：genmat
a matrix of genotypes
基因型的矩阵


参数：sample.id
the sample ids, which should be unique
样品ID，这应该是唯一的


参数：snp.id
the SNP ids, which should be unique
SNP ID，这应该是唯一的


参数：snp.rs.id
the rs ids for SNPs, which can be not unique
单核苷酸多态性的RS标识，它可以不是唯一的


参数：snp.chromosome
the chromosome indices
染色体指数


参数：snp.position
the SNP positions in basepair
中碱基对组成的SNP位


参数：snp.allele
the reference/non-reference alleles
参考/非参考等位基因


参数：snpfirstorder
if TRUE, genotypes are stored in the individual-major mode, (i.e, list all SNPs for the first individual, and then list all SNPs for the second individual, etc)
如果为TRUE，个别主要的模式，（即，列表全部的SNPs的第一个体中，和然后列出所有的单核苷酸多态性的第二单个等被存储在基因型）


参数：compress.annotation
the compression method for the variables except genotype
的压缩方法的变量除了genotype


参数：compress.geno
the compression method for the variable genotype
的压缩方法的变量genotype


参数：other.vars
a list object storing other variables
存储其他变量的一个列表对象


Details

详细信息----------Details----------

There are possible values stored in the variable genmat: 0, 1, 2 and other values. “0” indicates two B alleles, “1” indicates one A allele and one B allele, “2” indicates two A alleles, and other values indicate a missing genotype.
有可能的值存储在变量genmat：0，1，2和其他值。 “0”表示两个B等位基因，“1”表示一个等位基因A和一个B等位基因，A等位基因，“2”表示，和其他的值表示缺少的基因型。

If snpfirstorder is TRUE, then genmat is “# of SNPs X # of samples”; if snpfirstorder is FALSE, then genmat is “# of samples X # of SNPs”.
如果snpfirstorder是TRUE，那么genmat是“＃单核苷酸多态性X＃样品”，如果snpfirstorder是FALSE，那么genmat “＃样品的单核苷酸多态性”X＃。

The typical variables specified in other.vars are “sample.annot” and “snp.annot”, which are data.frame objects.
典型的变量指定在other.vars是“sample.annot”和“snp.annot”，这是数据框对象。


值----------Value----------

None.
无。


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参见----------See Also----------

snpgdsCreateGenoSet, snpgdsCombineGeno
snpgdsCreateGenoSet，snpgdsCombineGeno


实例----------Examples----------


# load data[加载数据]
data(hapmap.geno)

# create a gds file[创建一个GDS文件]
with(hapmap.geno, snpgdsCreateGeno("test.gds", genmat=genotype,
        sample.id=sample.id, snp.id=snp.id, snp.chromosome=snp.chromosome,
        snp.position=snp.position, snp.allele=snp.allele, snpfirstorder=TRUE))

# open the gds file[打开GDS文件]
genofile <- openfn.gds("test.gds")

RV <- snpgdsPCA(genofile)
plot(RV$eigenvect[,2], RV$eigenvect[,1], xlab="PC 2", ylab="PC 1")

# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)

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