SNPMaP.cdm-package(SNPMaP.cdm)
SNPMaP.cdm-package()所属R语言包：SNPMaP.cdm
Annotation for SNP Microarrays and Pooling in <font face="Courier New,Courier" color="#666666"><b>R</b></font>
注释SNP芯片技术中的对象池的<font face="Courier New,Courier" color="#666666"> <B> R </ B> </ FONT>
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Pooling DNA on SNP microarrays is a cost-effective way to carry out genome-wide association studies for heritable disorders or traits. The SNPMaP package provides formal SNPMaP objects and methods in R as a base for these analyses using Affymetrix genotyping arrays. The SNPMaP.cdm package provides cdm objects for the SNPMaP package.
池DNA的SNP芯片技术是具有成本效益的方式，为遗传性疾病或性状进行全基因组关联研究。 SNPMaP包提供正规SNPMaP的对象和方法在R利用Affymetrix基因分型阵列进行这些分析为基础。 SNPMaP.cdm包提供了CDM对象的SNPMaP包。
Details
详细信息----------Details----------
</table> Once the CEL files of the microarrays used in a SNPMaP study have been read into a 'raw' format SNPMaP object, a cdm matrix is used to identify the probesets, achieving a similar function to an Affymetrix CDF file, but faster because it is held in memory once loaded. Each cdm object may comprise several matrices, each referring to a different 'set' of probes. For example, the GenomeWideSNP\_6 cdm contains two sets: one with three probes per SNP, the other with four probes per SNP. The cdm objects for older arrays may contain corresponding sets of mismatch probes. The SNPMaP package is an evolution of the scripts referred to in Meaburn et al (2006) and is described in Davis, Plomin and Schalkwyk (submitted for publication); please cite this paper if you find the package useful. Additional supporting material is available at http://sgdp.iop.kcl.ac.uk/snpmap/.
</表>一旦用于在SNPMaP研究的微阵列的CEL文件已被读入一个“原始”格式SNPMaP对象，用于识别probesetscdm矩阵，实现了类似的功能Affymetrix的CDF文件，但速度更快，因为它是保存在内存中，一旦加载。每一个cdm对象可能包括几个矩阵，每到一个不同的设置的探针。例如，GenomeWideSNP \ _6cdm包含两类：每SNP，其他三个探针有四个探针每SNP的。 cdm旧阵列的对象可能包含相应套错配探针。 SNPMaP包是一种进化中提到Meaburn等人（2006年）和戴维斯，普罗明和范斯卡尔奎克（提交出版）中描述的脚本，请引用这个文件，如果你找到有用的套件。额外的辅助材料是提供http://sgdp.iop.kcl.ac.uk/snpmap/。
数组类型----------Array types----------
This distribution of the SNPMaP.cdm package includes cdm matrices for the following arrays:<br> Mapping250K_Sty<br> Mapping250K_Nsp<br> GenomeWideSNP_5<br> GenomeWideSNP_6
这种分布SNPMaP.cdm包包含了cdm矩阵以下阵列：<BR>Mapping250K_Sty参考Mapping250K_Nsp参考GenomeWideSNP_5参考 GenomeWideSNP_6
（作者）----------Author(s)----------
Oliver SP Davis and Leo C Schalkwyk
Maintainer: SNPMaP team <a href="mailto:snpmap@iop.kcl.ac.uk">snpmap@iop.kcl.ac.uk</a>
参考文献----------References----------
Davis, OSP, Plomin, R, and Schalkwyk, LC. (2009) The SNPMaP package for R: A framework for genome-wide association using DNA pooling on microarrays. Bioinformatics, 25, 281-283. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btn587<br> <br> Meaburn E, Butcher LM, Schalkwyk LC, and Plomin R. (2006) Genotyping pooled DNA using 100K SNP microarrays: a step towards genomewide association scans. Nucleic Acids Research, 34(4):e28. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gnj027
参见----------See Also----------
The SNPMaP package.<br>
SNPMaP包。<BR>
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发表于 2012-9-30 11:11:05
