R语言 SNPMaP.cdm包 GenomeWideSNP_6()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GenomeWideSNP_6(SNPMaP.cdm)
GenomeWideSNP_6()所属R语言包：SNPMaP.cdm

                                        cdm for the GenomeWideSNP\_6 microarray
                                         清洁发展机制的GenomeWideSNP \ _6芯片

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A SNPMaP cdm for the Affymetrix GenomeWideSNP\_6 genotyping microarray.
ASNPMaPcdm的Affymetrix公司GenomeWideSNP的\ _6基因分型芯片。


用法----------Usage----------


GenomeWideSNP_6



格式----------Format----------

The format is:<br> List of 2<br> \$ three.probesist of 1<br> ..\$ perfect: int [1:796045, 1:6] 5273360 4463256 2883438 810524 3933238 3961968 3158564 394894 4680958 4119394 ...<br> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2<br> .. .. ..\$ : chr [1:796045] "SNP\_A-2131660" "SNP\_A-1967418" "SNP\_A-1969580" "SNP\_A-4263484" ...<br> .. .. ..\$ : chr [1:6] "pma1" "pma2" "pma3" "pmb1" ...<br> \$ four.probes ist of 1<br> ..\$ perfect: int [1:110555, 1:8] 2839656 632482 4786064 1551942 5246520 672608 501298 2752888 6755706 2368568 ...<br> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2<br> .. .. ..\$ : chr [1:110555] "SNP\_A-4268887" "SNP\_A-2006248" "SNP\_A-2010253" "SNP\_A-2017872" ...<br> .. .. ..\$ : chr [1:8] "pma1" "pma2" "pma3" "pma4" ...
的格式是：<BR>的列表的参考\ $ three.probes：1 <BR>名单.. \完美的诠释[1:796045，1:6] 5273360 4463256 2883438 810524 3933238 3961968 3158564 394894 4680958 4119394 ...参考.. ..  -  ATTR（*，“dimnames”）= 2 <BR>列表.. .. .. \ $：字符1:796045]“SNP \ _A-2131660”SNP \ _A-1967418“SNP \ _A-1969580”SNP \ _A-4263484“参考.. .. \ $：字符1时06分“PMA1”，“PMA2”，“pma3”，“促进pMB1”...参考\ $ four.probes：1 <BR>列表.. \完美的诠释[1 ：110555，1:8] 2839656 632482 4786064 1551942 5246520 672608 501298 2752888 6755706 2368568 ...参考.. ..  -  ATTR（*，“dimnames”）= 2 <BR>列表.. .. .. \ $：字符1:110555]“SNP \ _A-4268887”SNP \ _A-2006248“SNP \ _A-2010253”SNP \ _A-2017872“参考.. .. \ $字符[1:8]“PMA1”PMA2“，”pma3“的”pma4“...


Details

详细信息----------Details----------

The cdm is used to identify the probesets in the 'raw' SNPMaP object derived from the microarray CELs, achieving a similar function to an Affymetrix CDF file, but faster because it is held in memory once loaded. The GenomeWideSNP\_6 cdm has has two sets: The first comprises those 796045 probesets with three quartets, while the second comprises the 110555 probesets with four quartets. These are reached by specifying set 1 or 2 respectively in a call to snpmap(). Alternatively, both sets can be read at once using msnpmap().
cdm是用来识别probesets，在“原始”的SNPMaP来自芯片CEL的对象，Affymetrix的CDF文件实现类似的功能，但速度更快，因为它是保存在内存中，一旦加载。 \ _6 GenomeWideSNPcdm有了两个sets：，首先包括带有三个四重奏那些796045 probesets的，而第二个包括具有四个四重奏110555 probesets。这些均达到通过指定set 1或2分别在调用snpmap()。另外，这两套可以一次读取使用msnpmap()。

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