R语言 SNPassoc包 setupSNP()函数中文帮助文档(中英文对照)

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setupSNP(SNPassoc)
setupSNP()所属R语言包：SNPassoc

                                        Convert columns in a dataframe to class 'snp'
                                         转换列中的数据框类的SNP

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

setupSNP Convert columns in a dataframe to class 'snp'
setupSNP转换列在一个数据框类“单核苷酸多态性”

summary.setupSNP gives a summary for an object of class 'setupSNP' including  allele names, major allele frequencie, an exact thest of Hardy-Weinberg  equilibrium and percentage of missing genotypes
summary.setupSNP给出了一个概要对象类的setupSNP的“包括等位基因的名字，主要等位基因频率下，Hardy-Weinberg平衡的精确thest和缺失基因型的百分比


用法----------Usage----------


setupSNP(data, colSNPs, sort = FALSE, info, sep = "/", ...)



参数----------Arguments----------

参数：data
dataframe containing columns with the SNPs to be converted
数据框包含要转换的单核苷酸多态性列


参数：colSNPs
Vector specifying which columns contain SNPs data
矢量指定哪一列包含单核苷酸多态性数据


参数：sort
should SNPs be sorted. Default is FALSE
应SNP位点进行排序。默认是false。


参数：info
if sort is TRUE a dataframe containing information  about the SNPs regarding their genomic position and the gene where  they are located
如果一个数据框的单核苷酸多态性基因组的位置和它们的所在位置的基因排序是TRUE


参数：sep
character separator used to divide alleles in the genotypes
用字符分隔符分割等位基因的基因型


参数：...
optional arguments
可选参数


值----------Value----------

a dataframe of class 'setupSNP' containing converted SNP variables.  All other variables will be unchanged.
一个数据框的类的setupSNP“转换的SNP变量。所有其他变量保持不变。


参考文献----------References----------

JR Gonzalez, L Armengol, X Sole, E Guino, JM Mercader, X Estivill, V Moreno. SNPassoc: an R package to perform whole genome association studies. Bioinformatics, 2007;23(5):654-5.

参见----------See Also----------

snp
snp


实例----------Examples----------



data(SNPs)
myDat<-setupSNP(SNPs,6:40,sep="")


#sorted SNPs and having genomic information[排序SNP位点和基因组信息]
data(SNPs.info.pos)
myDat.o<-setupSNP(SNPs,6:40,sep="",sort=TRUE, info=SNPs.info.pos)

# summary[总结]
summary(myDat.o)

# plot one SNP[图一SNP]
  plot(myDat,which=2)


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