plot.WGassociation(SNPassoc)
plot.WGassociation()所属R语言包：SNPassoc
Function to plot -log p values from an object of class 'WGassociation'
功能图logp值对象的类的WGassociation“
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Function to plot -log p values from an object of class 'WGassociation'
功能图logp值对象的类的WGassociation“
用法----------Usage----------
## S3 method for class 'WGassociation'
plot(x, alpha = 0.05, plot.all.SNPs = FALSE,
print.label.SNPs = TRUE, cutPval = c(0, 1e-10, 1), whole,
ylim.sup=ifelse(is.null(attr(x,"fast")),1e-40, 1e-30),
col.legend = c("red", "gray60"), sort.chromosome=TRUE,
centromere, ...)
参数----------Arguments----------
参数：x
an object of class 'WGassociation'
对象类的WGassociation“
参数：alpha
statistical significance nominal level. See details
统计显着性的名义水平。查看详细资料
参数：plot.all.SNPs
are all SNPs plotted? If not, neither monomorphic nor SNPs with genotyping problems are plotted. The default is FALSE.
所有SNP策划？如果没有，既不是单态的，也不SNPs的基因分型的问题的绘制。默认值是FALSE。
参数：print.label.SNPs
are labels of SNPs printed? The default is TRUE
印刷的单核苷酸多态性的标签吗？默认值是TRUE
参数：cutPval
when argument 'whole' is TRUE in the 'x' object (e.g. when whole genome analysis is carried out) 'cutPval divides the range of p values into intervals and codes these values according to which interval they fall (like 'cut' function). The default is c(0, 1e-10, 1). That is, the p values are divided in those less than 1e-10 and those greater than 1e-10.
如果全是真正的X的对象（例如，当进行全基因组分析）cutPval将p值范围为间隔和规范这些值根据他们属于间隔（如“剪切”功能） 。默认为C（0，1E-10，1）。即，p值被划分在那些小于是1e-10和那些大于1E-10的。
参数：whole
is a whole genome carried out? If TRUE 'dataSNPs.pos' argument in 'setupSNP' is required.
是一个完整的基因组进行？如果TRUEdataSNPs.pos“参数在”setupSNP“是必需的。
参数：ylim.sup
superior limit for each panel. This value helps to obtain nicer plots
每个面板的上限。该值有助于获得更好的图
参数：col.legend
the color of the bar corresponding to p values plotted in each panel. The default is "red" for those p values less than 1e-10 and "gray60" for those greater than 1e-10.
p值对应的栏的颜色绘制在每个面板。默认值是“红色”对于那些p值小于1E-10和“gray60”大于1E-10。
参数：sort.chromosome
should chromosome be sorted? Set this argument to FALSE when genomic information corresponds to different genes.
应该染色体进行排序吗？这个参数设置为false时，基因组信息，对应于不同的基因。
参数：centromere
numeric vector specifying the centromere positions. If missing, the default centromere value of human genome are used.
数字矢量指定的着丝粒的位置。如果缺少，人类基因组的着丝粒的默认值被使用。
参数：...
other graphical parameters
其他图形参数
Details
详细信息----------Details----------
A panel with different plots (one for each mode of inheritance) are plotted. Each of them represents the -log(p value) for each SNP. Two horizontal lines are also plotted. One one them indicates the nominal statistical significance level (see 'alpha' argument) whereas the other one indicates the statistical significance level after Bonferroni correction.
绘制的面板不同图（每种模式的继承）。他们中的每一个表示log（p值）为每个SNP。也绘制两条水平线。一个一个他们的名义统计的显着性水平（见“alpha”的说法），而其他人表示Bonferroni校正后的统计显着性水平。
A different plot is created when the argument 'whole' the object 'x' is TRUE (see setupSNP function). In that case a plot of p values in the -log sclae is plotted for each SNP and for each chromosome.
当参数全对象X是TRUE的（看到setupSNP功能）时，创建一个不同的图。在这种情况下，一个图的p值在logsclae的绘制每个SNP和每一个染色体。
值----------Value----------
No return value, just the plot
没有返回值，只是图
参考文献----------References----------
JR Gonzalez, L Armengol, X Sole, E Guino, JM Mercader, X Estivill, V Moreno. SNPassoc: an R package to perform whole genome association studies. Bioinformatics, 2007;23(5):654-5.
参见----------See Also----------
association setupSNP WGassociation
associationsetupSNPWGassociation
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发表于 2012-9-30 11:09:14
