R语言 SNPassoc包 maxstat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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maxstat(SNPassoc)
maxstat()所属R语言包：SNPassoc

                                        max-statistic for a 2x3 table
                                         最大一个2X3表统计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Computes the asymptotic p-value for max-statistic for a 2x3 table
一个2X3表计算的渐近p值最大统计


用法----------Usage----------


maxstat(x, ...)

## Default S3 method:[默认方法]
maxstat(x, y, ...)

## S3 method for class 'table'
maxstat(x, ...)

## S3 method for class 'setupSNP'
maxstat(x, y, colSNPs=attr(x,"colSNPs"), ...)

## S3 method for class 'matrix'
maxstat(x, ...)




参数----------Arguments----------

参数：x
a numeric matrix with 2 rows (cases/controls) and 3 colums (genotypes) or a vector with case/control status or an object of class 'setupSNP'.
一个数字矩阵2行（件/对照组）和3 colums（基因型）或与包装/控制状态或对象的类的setupSNP“的一个向量。


参数：y
an optional numeric vector containing the information for a given SNP. In this case 'x' argument must contain a vector indicarting case/control status. If 'x' argument is an object of  class 'setupSNP' this argument migth be the name of the variable containing case/control information.
一个可选的数字向量的信息对于一个给定的SNP。在这种情况下，x参数必须包含矢量indicarting的情况下，/控制状态。如果x的说法是对象类的setupSNP“这的参数migth是名称的变量收纳箱/控制信息。


参数：colSNPs
a vector indicating which columns contain those SNPs to compute max-statistic. By default max-statistic is computed for those SNPs specified when the object of class 'setupSNP' was created.
一个向量，这列包含这些SNP位点计算最大统计。默认情况下，最大数据计算这些SNP位点在创建时指定的对象类的setupSNP“。


参数：...
further arguments to be passed to or from methods.
通过进一步的论据或方法。


值----------Value----------

A matrix with the chi-square statistic for dominant, recessive, log-additive and max-statistic and  its asymptotic p-value.
与卡方统计量为显性，隐性，log添加剂和最大的统计和它的渐近p值的矩阵。


参考文献----------References----------

Gonzalez JR, Carrasco JL, Dudbridge F, Armengol L, Estivill X, Moreno V. Maximizing association statistics over  genetic models (2007). Submitted   
Sladek R, Rocheleau G, Rung J et al. A genome-wide association study identifies novel risk loci for type 2 diabetes (2007). Nature 445, 881-885


参见----------See Also----------

setupSNP
setupSNP


实例----------Examples----------



# example from Sladek et al. (2007) for the SNP rs1111875 [例如从史莱德克等。 （2007年）的SNP rs1111875]
tt<-matrix(c(77,298,310,122,316,231),nrow=2,ncol=3,byrow=TRUE)
maxstat(tt)

data(SNPs)
maxstat(SNPs$casco,SNPs$snp10001)
myDat<-setupSNP(SNPs,6:40,sep="")
maxstat(myDat,casco)




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