R语言 SNPassoc包 LD()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

LD(SNPassoc)
LD()所属R语言包：SNPassoc

                                        max-statistic for a 2x3 table
                                         最大一个2X3表统计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compute pairwise linkage disequilibrium between genetic markers
计算两两之间的连锁不平衡的遗传标记


用法----------Usage----------


LD(g1, ...)

## S3 method for class 'snp'
LD(g1, g2, ...)

## S3 method for class 'setupSNP'
LD(g1, SNPs, ...)


LDplot(x, digits = 3, marker, distance, which = c("D", "D'",
    "r", "X^2", "P-value", "n", " "), ...)

LDtable(x, colorcut = c(0, 0.01, 0.025, 0.05, 0.1, 1), colors = heat.colors(length(colorcut)),
    textcol = "black", digits = 3, show.all = FALSE, which = c("D",
        "D'", "r", "X^2", "P-value", "n"), colorize = "P-value", cex, ...)





参数----------Arguments----------

参数：g1
genotype object or dataframe containing genotype objects
基因型的对象或包含基因型物体的数据框


参数：g2
genotype object (ignored if g1 is a dataframe)  
基因型的对象（被忽略，如果G1是一个数据框）


参数：SNPs
columns containing SNPs  
列单核苷酸多态性


参数：x
LD or LD.data.frame object
LD或LD.data.frame的对象


参数：digits
Number of significant digits to display
数显着的数字显示


参数：which
Name(s) of LD information items to be displayed
要显示的名称（s）的LD的信息项


参数：colorcut
P-value cutoffs points for colorizing LDtable
P-值截断点着色LDtable


参数：colors
Colors for each P-value cutoff given in 'colorcut' for LDtable
颜色为每个P-值截止在“colorcut”为LDtable


参数：textcol
Color for text labels for LDtable
彩色文本标签LDtable


参数：marker
Marker used as 'comparator' on LDplot.  If omitted separate lines for each marker will be displayed
标记作为比较器的LDplot。如果省略该参数，将显示单独的行中的每个标记


参数：distance
Marker location, used for locating of markers on LDplot.
标记位置，用于定位标记LDplot。


参数：show.all
If TRUE, show all rows/columns of matrix. Otherwise omit completely blank rows/columns.
如果是TRUE，显示所有的行/列的矩阵。否则省略完全空白的行/列。


参数：colorize
LD parameter used for determining table cell colors
LD参数用于确定表单元格的颜色


参数：cex
Scaling factor for table text. If absent, text will be scaled to fit within the table cells.
表格文本的缩放因子。如果不存在，文本将被调整，以适应表格单元格内。


参数：...
Optional arguments ('plot.LD.data.frame' passes these to 'LDtable' and 'LDplot').
可选参数（“plot.LD.data.frame”通过这些LDtable“和”LDplot“）。


值----------Value----------

None
无


（作者）----------Author(s)----------



functions adapted from LD, LDtable and LDplot in package genetics by Gregory Warnes et al.  (warnes@bst.rochester.edu)




参考文献----------References----------

genetics R package by Gregory Warnes et al.  (warnes@bst.rochester.edu)

参见----------See Also----------

setupSNP   snp
setupSNPsnp

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注：
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