R语言 arrayQualityMetrics包 arrayQualityMetrics()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

arrayQualityMetrics(arrayQualityMetrics)
arrayQualityMetrics()所属R语言包：arrayQualityMetrics

                                        Quality metrics for microarray experiments
                                         微阵列实验的质量指标

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Produce an array quality metrics report. This is the main function of the package.
产生一个数组质量指标报告。这是包的主要功能。


用法----------Usage----------


arrayQualityMetrics(expressionset,
  outdir = reporttitle,
  force = FALSE,
  do.logtransform = FALSE,
  intgroup = NULL,
  grouprep,
  spatial = TRUE,
  reporttitle = paste("arrayQualityMetrics report for", deparse(substitute(expressionset))))



参数----------Arguments----------

参数：expressionset
a Bioconductor microarray dataset container. This can be an object of class ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet, BeadLevelList, RGList, MAList.
1的Bioconductor芯片集的容器。这可以是一个类的对象ExpressionSet，AffyBatch，NChannelSet，BeadLevelList，RGList，MAList。


参数：outdir
the name of the directory in which the report is created; a character of length 1.
在该报告中创建的目录的名称;长度为1的字符。


参数：force
if the directory named by outdir already exists, then, if force is TRUE, the directory is overwritten, otherwise an error is thrown; if the directory does not exist, the value of force is irrelevant; a logical of length 1.
如果outdir命名的目录已经存在，那么，如果force是TRUE，是覆盖的目录，否则将引发错误，如果该目录不存在，价值 force是无关紧要的;长度为1的逻辑。


参数：do.logtransform
indicates whether the data should be logarithm transformed before the analysis; a logical of length 1.
指示数据是否应该对数转换之前的分析;一个长度为1的逻辑。


参数：intgroup
the name of the sample covariate(s) used to draw a colour side bar next to the heatmap. The first element of intgroup is also used define sample groups in other plots (boxplots, densities). intgroup should be a character vector, and its elements need to match the columns names of phenoData(expressionset). If NULL or of length 0, then the plots are not decorated with sample covariate information.
协变量的样本用来绘制一个彩色的边栏旁边的热图（S）的名称。 intgroup的第一个元素，也可用于定义样本组，在其他图（盒状图，密度）。 “intgroup应该是一个字符向量，其元素要匹配列名phenoData(expressionset)。如果NULL或长度为0，则该图不装饰与样本协信息。


参数：grouprep
deprecated. Use argument intgroup instead.
弃用。使用参数intgroup。


参数：spatial
indicates whether spatial plots should be made; a logical of length 1. This can be useful for large arrays (like Affymetrix hgu133Plus2) when CPU time and RAM resources of the machine would be limiting.  
表示空间图是否应作出一个长度为1的逻辑。大阵列（如Affymetrix公司hgu133Plus2）当机器的CPU时间和RAM资源将限制，这可能是有用的。


参数：reporttitle
title for the report (character of length 1).
报告的标题（长度为1的字符）。


Details

详情----------Details----------

See the arrayQualityMetrics vignette for examples of this function.
看到这个函数的例子arrayQualityMetrics暗角。


值----------Value----------

A side effect of the function is the creation of directory named by outdir containing a HTML report QMreport.html and figures. The function also returns a list with R objects containing
一个函数的副作用是创造outdir包含HTML报告QMreport.html和数字命名的目录。该函数也返回一个与R包含对象名单


作者（S）----------Author(s)----------



Audrey Kauffmann and Wolfgang Huber.


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。