R语言 smfsb包 gillespie()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

gillespie(smfsb)
gillespie()所属R语言包：smfsb

                                        Simulate a sample path from a stochastic kinetic model described by a stochastic Petri net
                                         从一个随机Petri网的随机动力学模型所描述的，模拟的样本路径

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function simulates a single realisation from a discrete stochastic kinetic model described by a stochastic Petri net (SPN).
此功能模拟的是单实现从离散随机动力学模型的随机Petri网（SPN）。


用法----------Usage----------


gillespie(N, n, ...)



参数----------Arguments----------

参数：N
An R list with named components representing a stochastic Petri net (SPN). Should contain N$M, a vector representing the initial marking of the net, N$Pre, a matrix representing the LHS stoichiometries, N$Post, a matrix representing the RHS stoichiometries, and N$h, a function representing the rates of the reaction processes. N$h should have first argument x, a vector representing the current state of the system, and second argument t, a scalar representing the current simulation time (in the typical time-homogeneous case, N$h will ignore this argument). N$h may posses additional arguments, representing reaction rates, for example.
R列表代表一个随机Petri网（SPN）的命名的组件。应包含N$M，一个向量，表示净值的初始标识，N$Pre，代表了LHS化学计量矩阵，N$Post，矩阵的RHS化学计量，和N$h的，代表的反应过程的速率的函数。 N$h应该有第一个参数x，一个向量，表示该系统的当前状态，和第二个参数t，一个标量，表示当前的仿真时间（在典型的时间均匀的情况下， N$h将忽略此参数）。 N$h可能拥有额外的参数，代表反应速率，例如。


参数：n
An integer representing the number of events to simulate, excluding the initial state, N$M.
一个整数，代表的事件的数量来模拟，不含初始状态下，N$M。


参数：...
Additional arguments (such as reactions rates) will be passed into the function N$h.
其他参数（如反应发生率）会被传递到函数N$h。


值----------Value----------

A list with first component t, a vector of length n containing event times and second component x, a matrix with n+1 rows containing the state of the system. The ith row of x contains the state of the system prior to the ith event.
第一组分的列表与t，一个向量的长度n包含事件时间和第二成分x，n+1行包含该系统的状态的矩阵。 i日行x包含系统状态的之前i次事件的。


参见----------See Also----------

simpleEuler, rdiff,
simpleEuler，rdiff，


实例----------Examples----------


# load the LV model[加载LV模型]
data(spnModels)
# simulate a realisation of the process and plot it[模拟的过程，并画出它的实现]
out = gillespie(LV,10000)
op = par(mfrow=c(2,2))
plot(stepfun(out$t,out$x[,1]),pch="")
plot(stepfun(out$t,out$x[,2]),pch="")
plot(out$x,type="l")

# use the "discretise" function to map it to an R "ts" object[使用“discretise”功能将它映射到一个R“TS”对象]
plot(discretise(out,dt=0.01),plot.type="single",lty=c(1,2))
par(op)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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