R语言 SKAT包 Get_Logistic_Weights()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

Get_Logistic_Weights(SKAT)
Get_Logistic_Weights()所属R语言包：SKAT

                                        Get the logistic weight
                                         MF重量

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Get the logistic weights from either a genotype matrix (Z) or a vector of minor allele frequncies (MAF). You can apply this weights to SKAT by giving it as the “weights” parameter. The logistic weight gives equal weights to rare variants and nearly zero weight to common variants.
获得MF的权重，从基因型矩阵（Z）或一个向量的的次要等位基因frequncies（MAF）。您可以套用这个权重SKAT给它的“权重”参数。MF重量相同的权重，以罕见的变异和几乎为零的重量，常见的变种。


用法----------Usage----------



        Get_Logistic_Weights(Z, par1=0.07, par2=150)


        Get_Logistic_Weights_MAF(MAF, par1=0.07, par2=150)
               



参数----------Arguments----------

参数：Z
a numeric genotype matrix with each row as a different individual and each column as a separate gene/snp. Each genotype should be coded as 0, 1, 2, and 9 for AA, Aa, aa, and missing, where A is a major allele and a is a minor allele.  
一个数值作为不同的个体的每一行和每一列都作为一个单独的基因/ SNP基因型矩阵。每种基因型应编码为0，1，2，和9为AA，Aa中，氨基酸，和缺失，其中A是一个主要的等位基因和一个是一个次要等位基因。


参数：MAF
a numeric vector of minor allele frequncies.  
一个数字矢量的次要等位基因frequncies。


参数：par1
a numeric value of the first parameter of the logistic weight (default= 0.07).
一个数值的第一个参数的MF重量（默认= 0.07）。


参数：par2
a numeric value of the second parameter of the logistic weight(default= 150).
一个MF重量的第二个参数的数值（默认值= 150）。


Details

详细信息----------Details----------

The formula of the logistic weight is
MF重量的计算公式是


值----------Value----------

It returns a vector of the logistic weight.
它返回一个向量的MF重量。


（作者）----------Author(s)----------


Seunggeun Lee



实例----------Examples----------




data(SKAT.example)
attach(SKAT.example)


#############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
#        Compute the P-value of SKAT with the logistic Weight (par1=0.07, par2=150)[与MF重量（受体1 = 0.07，par2的= 150）计算的P-值SKAT]

# Use logistic weight[使用MF重量]
obj<-SKAT_Null_Model(y.c ~ X, out_type="C")
weights<-Get_Logistic_Weights(Z, par1=0.07, par2=150)
SKAT(Z, obj, kernel = "linear.weighted", weights=weights)$p.value

# Weights function[权重功能]
MAF<-colMeans(Z)/2
plot(MAF,weights)



转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。