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getOrthologousProbesets(annotationTools)
getOrthologousProbesets()所属R语言包：annotationTools

                                        Find orthologous/homologous probe sets present in a target set using a mapping table
                                         设定目标使用一套映射表中找到同源/同源探针

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Used for cross-species analysis of gene expression profiles. Takes a vector of probe sets (species 1), a data.frame containing a second set of probe sets (species 2) and associated values (e.g. log fold change, t-statistic, ...) , a mapping table of orthologous probe sets (species 1 to species 2) and returns the list of probe sets orthologous to those in the first vector and found in the second set.
用于跨物种基因的表达谱分析。注意到一个探针组矢量（1种），数据框包含探针组，第二组（2种）和相关的值（例如log倍的变化，t-统计，...），同源探针的映射表套（种1种2），并传回的探测列表设置直系那些在第一向量，并在第二盘发现。


用法----------Usage----------


getOrthologousProbesets(ps1,ps2,ps2ps,fct=function(x){x},forceProbesetSelection=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：ps1
A vector of probe sets identifiers.
一个探针向量设置标识符。


参数：ps2
A data.frame where the first column contains the target probe sets. The second column contains quantities associated with each probe set like e.g. log fold change, t-statistic, etc.
其中第一列包含目标探针组数据框。第二列包含与每个人都如探针组相关的数量log倍的变化，t-统计，等等。


参数：ps2ps
A data.frame containing a mapping table of orthologous probe sets. Can be generated with the function ps2ps.R.
同源探针包含一个映射表数据框设置。可以生成功能ps2ps.R。


参数：fct
A function for probe sets selection. The function is applied to the values (second column of ps2) associated with all orthologous probe sets corresponding to a given probe set in ps1.
选择一个探针的功能设置。该功能适用于（PS2的第二列）所有直系探针关联的值设置相应的探针组在PS1。


参数：forceProbesetSelection
Logical. If FALSE (default), all orthologous probe sets found in ps2 are returned. If TRUE, only the probe sets associated with values selected with the function fct are returned.
逻辑。如果为FALSE（默认值），所有的直系探针设置在PS2返回。如果是TRUE，只探针的设置与功能FCT选择返回值。


Details

详情----------Details----------

Each probe set in the first input vector (ps1) is looked up in the mapping table (ps2ps). Orthologous probe sets given in the mapping table and present in the second input argument (more precisely in the first column of ps2) are returned as a list (ps2\_probeSel). By default, values associated with these orthologous probe sets (and given in the second column of ps2) are returned as a list too (ps2\_value).
每个探针设置在第一个输入向量（PS1）在映射表（ps2ps）抬头。直系探针设置在映射表中，并提出在第二个输入参数（更准确地说是在PS2的第一列）列表（PS2 \ _probeSel），返回。默认情况下，这些的直系探针集（PS2的第二列）的返回值作为一个列表（PS2 \ _value）。

A function can be specified and applied to the values associated with the orthologous probe sets. This can for instance be used to assign a summary value associated with a set orthologous probe sets (e.g. fct=mean or fct=median in case the associated values are log fold changes). Alternatively, this can be used to filter a single probe set out of multiple orthologous probe sets (e.g. fct=min in case the associated value is a p-value) (see below).
可以指定一个函数，并与同源探针组相关联的值。这例如可以用来分配一套同源探针组的汇总值（如FCT =等于或FCT =关联值中位数的情况下登录倍的变化）。另外，这可以用于过滤一个探针的多个直系探针集设置（例如FCT =分钟的情况下，相关的值是一个p值）（见下文）。

By default, the function returns all orthologous probe sets found. You can force the function to return only the probe sets associated with the values selected by the application of the user-specified function (specify forceProbesetSelection=TRUE). For instance, if the values in the second column of ps2 are p-values and fct=min, for each probe set in ps1 the minimal p-value associated with orthologous probe sets in ps2 is returned (ps2\_value) as well as the probe set associated with the minimal p-value (ps2\_probeSel).
默认情况下，该函数返回所有同源探针集。您可以强制函数返回探针只由用户指定的功能的应用程序选择的值设置（指定forceProbesetSelection =）。例如，如果在PS2的第二列的值是p值和FCT =分钟，每个探针设置在PS1最小的p值返回同源探针套在PS2（PS2 \ _value）以及探针设置与最小的p值（PS2 \ _probeSel）的关联。


值----------Value----------


参数：ps2\_probeSel
A list of orthologous probe sets given by the mapping table (ps2ps) and present in ps2. By default, all orthologous probe sets are returned. If forceProbesetSelection=TRUE, only the probe sets whose values are matched after application of the user-defined function (fct) are returned.
同源探针列表设置映射表（ps2ps），目前在PS2。默认情况下，所有直系探针集返回。如果forceProbesetSelection = TRUE时，只探针集的匹配值的用户定义函数（FCT）的申请后返回。


参数：ps2\_value
A list of values associated with the orthologous probe sets. By default, all values are returned. If a function is specified (fct), it is applied to the values before they are returned.
与同源探针组关联的值列表。默认情况下，所有的值返回。如果指定一个函数（FCT），它适用于值才返回。


作者（S）----------Author(s)----------


Alexandre Kuhn



举例----------Examples----------


data(orthologs_example)

##select the first 3 probe sets listed in 'table_mouse' and their orthologs in 'table_human'[＃选择第3探针集“table_mouse”和其同源在“table_human上市]
##note that no ortholog is found for the top mouse probe set[＃注意，没有同源鼠标探针组]
table_mouse[1:3,]
orthops<-getOrthologousProbesets(table_mouse[1:3,1],table_human,ortho)
orthops[[1]]

##the second item returned contains the values associated with orthologs (second column of 'table_human')[＃返回的第二个项目包含关联的值与同源（“table_human”第二列）]
orthops[[2]]

##calculates, for each mouse probe set, the median orthologous log fold change (in case of multiple orthologs)[＃计算，每个鼠标探针组，中位数直系log倍（在多个同源的情况下）]
##(in this case log fold changes need to be in the second column of 'table_mouse')[＃（登录倍的变化，在这种情况下，需要在第二列“table_mouse）]
orthops<-getOrthologousProbesets(table_mouse[1:3,1],table_human,ortho,'median')
orthops[[2]]

##for each mouse probe set having multiple orthologous human probe sets[＃每个鼠标探针组，有多个同源的人类探测器集]
##select the orthologous probe set with the smallest p-value (column 4 of 'table_human')[＃选择最小的p值（4“table_human”列同源探针集）]
orthops<-getOrthologousProbesets(table_mouse[1:3,1],table_human[,c(1,4)],ortho,'min',forceProbesetSelection=TRUE)
orthops[[1]]

##orthologous probe set selection can based on arbitrary functions[＃同源探针组选择基础上的任意函数]
##e.g. select the 2 orthologous probe sets with the smallest p-values[＃例如：选择最小的p值2同源探针套]
orthops<-getOrthologousProbesets(table_mouse[1:3,1],table_human[,c(1,4)],ortho,function(x){sort(x)[1:2]},forceProbesetSelection=TRUE)
orthops[[1]]

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