getMULTIANNOTATION(annotationTools)
getMULTIANNOTATION()所属R语言包：annotationTools
General (multiple) annotation function
通用（多）注解功能
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Takes a vector of identifiers and an annotation table and matches the identifiers in the table to retrieve the corresponding annotation. Identifiers can occur on multiple records (i.e. lines) of the annotation table.
需要一个向量标识符和注释表和表中的标识符匹配，获取相应的注释。标识符可以出现在注释表的多个记录（即行）。
用法----------Usage----------
getMULTIANNOTATION(identifier, annot, diagnose = FALSE, identifierCol = 19, annotationCol = 1, noAnnotationSymbol = NA, noAnnotationProvidedSymbol = "---")
参数----------Arguments----------
参数：identifier
vector containing identifiers to be annotated.
向量标识符注明。
参数：annot
annotation table (data frame) where each row is a record and each column is an annotation field.
注释表（数据框），每一行是一个记录和每一列是一个注释字段。
参数：diagnose
logical. If TRUE, 3 (logical) vectors used for diagnostic purpose are returned in addition to the annotation. If FALSE (default) only the annotation is returned.
逻辑。如果是TRUE，返回3（逻辑）用于诊断目的的向量在另外的注解。如果为FALSE（默认）的注释，则返回。
参数：identifierCol
column in annotation table where the provided identifiers are to be looked up.
注释表中的列提供的标识符要抬起头来。
参数：annotationCol
column in annotation table containing the desired annotation.
列中包含所需的注解注释表。
参数：noAnnotationSymbol
chacter string to be used in output list 'annotation' if no annotation is found or provided.
在输出列表“注释”的角色后来字符串要使用，如果没有被发现或提供注解。
参数：noAnnotationProvidedSymbol
character string used in annotation table and indicating missing annotation.
字符串用于注释表表明失踪注释。
Details
详情----------Details----------
The annotation is returned as elements of list 'annotation'. If the 'i'-th identifier occur on multiple lines, all corresponding annotation are retrieved and output as a vector. The length of the 'i'-th element of 'annotation' thus equals the number of lines for 'identifier[i]' in the annotation table.
注释返回列表“注释”的元素。如果“第δ-标识符出现多条线路上，所有相应的注释，检索和输出作为向量。因此，注释“第δ-元素长度等于”在注释表标识符[I]“的行数。
值----------Value----------
参数：annotation
list of length 'length(identifier)' the 'i'-th element of which contains the annotation for 'identifier[i]'.
长度长度（标识符）“列表”δ-th元素，其中包含了注释标识符[I]“。
参数：empty
logical vector of length 'length(identifier)'. 'empty[i]' is TRUE if 'identifier[i]' is empty or NA.
逻辑矢量长度的长度（标识符）“。 “空[I]TRUE标识符[I]”如果是空的或NA。
参数：noentry
locial vector of length 'length(identifier)'. 'noentry[i]' is TRUE if 'identifier[i]' cannot be found in 'annot[,identifierCol]'.
locial向量长度的长度（标识符）“。 “NOENTRY [I]”为TRUE，如果“标识[I]”不能被发现在“annot，identifierCol]”。
参数：noannotation
locial vector of length 'length(identifier)'. 'noannotation[i]' is TRUE if 'a[i]==noAnnotationProvidedSymbol' is TRUE.
locial向量长度的长度（标识符）“。 “noannotation [I]”为TRUE，如果“一个[我] == noAnnotationProvidedSymbol的是TRUE。
注意----------Note----------
getANNOTATION runs faster and is to be used if the identifiers occur only once in the annotation table.
getANNOTATION运行速度更快，是要使用，如果仅出现一次在注释表标识符。
作者（S）----------Author(s)----------
Alexandre Kuhn
参见----------See Also----------
getANNOTATION
getANNOTATION
举例----------Examples----------
##example annotation table[＃例如注解表]
annotation<-cbind(gene=c('gene_1','gene_2','gene_2','gene_3','gene_4'),probe=c('probe_1','probe_2a','probe_2b','','probe_4'),sequence=c('sequence_1','sequence_2a','sequence_2b','','sequence_4'))
print(annotation)
##get sequences for gene_2, gene_3, gene_4 and gene_100[＃序列gene_2，gene_3，gene_4和gene_100]
myGenes<-c('gene_2','gene_3','gene_4','gene_100', NA)
getMULTIANNOTATION(myGenes,annotation,identifierCol=1,annotationCol=2,noAnnotationProvidedSymbol='')
##track origin of annotation failure for the 3 last genes[＃跟踪的最后3个基因注释失败的起源]
getMULTIANNOTATION(myGenes,annotation,identifierCol=1,annotationCol=2,noAnnotationProvidedSymbol='',diagnose=TRUE)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 11:59:50
