R语言 annotationTools包 getGENEONTOLOGY()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getGENEONTOLOGY(annotationTools)
getGENEONTOLOGY()所属R语言包：annotationTools

                                        Find Gene Ontology (GO) annotation
                                         寻找基因本体（GO）的注释

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Takes a vector of probe set identifiers and an annotation table and retrieves the corresponding GO annotation.
注意到向量的探针集标识符和注释表检索相应的GO注释。


用法----------Usage----------


getGENEONTOLOGY(ps, annot, diagnose = FALSE, specifics = 0, GOcol = 31, noGOsymbol = NA, noGOprovidedSymbol = "---", sep = " /// ")



参数----------Arguments----------

参数：ps
character vector containing the probe sets identifiers.
特征向量包含探针设置标识符。


参数：annot
annotation table (data frame) where each row is a record and each column is an annotation field.
注释表（数据框），每一行是一个记录和每一列是一个注释字段。


参数：diagnose
logical. If TRUE, 3 (logical) vectors used for diagnostic purpose are returned in addition to the annotation. If FALSE (default) only the annotation is returned.
逻辑。如果是TRUE，返回3（逻辑）用于诊断目的的向量在另外的注解。如果为FALSE（默认）的注释，则返回。


参数：specifics
can take value 0, 1, 2, 3, ... . If specifics=i with i>0, the GO biological process annotation is parsed (using " // " as separator) and the i-th part of the expression is returned. If specifics=0, the GO biological process annotation is not parsed.
可采取值为0，1，2，3，... 。如果具体=我> 0，对GO生物过程的注释解析（使用作为分隔符“/ /”），并返回表达式的第i部分。如果具体= 0，GO生物过程的注解不会被解析。


参数：GOcol
column in annotation table containing the GO biological processes.
注释包含GO生物过程的表列。


参数：noGOsymbol
character string to be used in output list 'go' if no GO biological process is found or provided in the annotation table.
在输出列表的字符串走出去，如果不走的生物过程被发现或注释表中提供的。


参数：noGOprovidedSymbol
character string used in annotation table and indicating missing GO biological process.
字符串用于注释表，并说明失踪去的生物过程。


参数：sep
character string used in annotation table to separate multiple GO biological processes.
字符串注释表中用于分隔多个生物过程。


Details

详情----------Details----------

This function can be used with Affymetrix annotation files (e.g. 'HG-U133\_Plus\_2\_annot.csv'). It retrieves GO annotation corresponding to particular probe set identifiers. GO biological processes are returned by default ('GOcol'=31) but GO cellular components ('GOcol'=32) or GO molecular functions ('GOcol'=33) can be returned by setting 'GOcol' appropriately.
此功能可用于与Affymetrix的注释文件（例如，“HG-U133 \ _Plus \ _2的\ _annot.csv”）。它检索GO注释对应于特定的探针集标识符。转到生物过程返回的默认值（“GOcol= 31），但去单元成分（GOcol= 32）或GO分子功能（GOcol= 33），可以通过设置GOcol”适当返回。

GO biological processes are returned as elements of list 'go'. If multiple GO biological processes are provided for 'ps[i]' (with 'sep' separating GO biological processes in the annotation table), a vector containing all GO biological processes is returned as the 'i-th' element of list 'go'.
转到生物过程返回列表走出去的元素。作为“第i个”列表“的元素，如果多好生物过程提供”PS [I]（“九月的分离注释表生物过程），向量包含所有生物过程返回“。

The default values for 'GOcol', 'noGOsymbol', 'noGOprovidedSymbol' and 'sep' are chosen to suit the format of Affymetrix annotation files. However, options can be set to look up any annotation table, provided the probe set identifiers are in the first column and occur only once.
“GOcol，noGOsymbol，noGOprovidedSymbol”和“九月”的默认值选择适合Affymetrix的注释文件的格式。然而，选项可以设置查找任何注释表，提供探针集标识符是在第一列，只发生一次。

Note that each GO annotation in Affymetrix annotation files contains 3 attributes: the GO biological process ID, term and quality, separated by " // ". Setting the option 'specifics' to 1, 2, or 3 allows to retrieve any of the 3 attributes separately.
请注意，在Affymetrix的注释文件中的每个GO注释包含3个属性：好生物的进程ID，期限和质量，以“/ /”隔开。设置选项细节为1，2或3，允许单独检索3属性。


值----------Value----------


参数：go
list of length 'length(ps)' the 'i'-th element of which contains the GO annotation for 'ps[i]'.
列表的长度的长度（PS），δ-th元素，其中包含GO注释“PS [I]。


参数：empty
logical vector of length 'length(ps)'. 'empty[i]' is TRUE if 'ps[i]' is empty or NA.
逻辑矢量长度的长度（PS）。 “空[I]”为TRUE，如果“PS [我]为空或NA。


参数：noentry
locial vector of length 'length(ps)'. 'noentry[i]' is TRUE if 'ps[i]' cannot be found in the first column of the annotation table.
locial向量长度的长度（PS）。 “NOENTRY [I]”为TRUE，如果“PS我不能在第一列的注释表。


参数：nogo
locial vector of length 'length(ps)'. 'nogo[i]' is TRUE if 'go[i]==noIDprovidedSymbol' is TRUE.
locial向量长度的长度（PS）。 “NOGO [I]是TRUE，如果去我] == noIDprovidedSymbol的是TRUE。


注意----------Note----------

getANNOTATION provides a more flexible solution to be used with arbitrary annotation tables.
getANNOTATION提供了更加灵活的解决方案，将用于与任意注释表。


作者（S）----------Author(s)----------


Alexandre Kuhn



参见----------See Also----------

getANNOTATION
getANNOTATION


举例----------Examples----------


##example Affymetrix annotation file and its location[＃例如Affymetrix的注释文件和它的位置]
annotationFile<-system.file('extdata','HG-U133_Plus_2_annot_part.csv',package='annotationTools')

##load annotation file[＃加载注释文件]
annotation&lt;-read.csv(annotationFile,colClasses='character',comment.char='#')[）]

##get gene GO biological process (full information)[＃得到基因生物过程（完整的信息）]
myPS<-c('117_at','1007_s_at','1552288_at',NA,'xyz_at')
getGENEONTOLOGY(myPS,annotation)

##get gene GO biological process terms only[仅得到基因生物过程方面]
getGENEONTOLOGY(myPS,annotation,specifics=2)

##track origin of annotation failure for the 3 last probe set IDs[＃注释失败的起源跟踪的最后3探针集ID]
getGENEONTOLOGY(myPS,annotation,diagnose=TRUE)

##GO molecular functions are contained in column 33 of the annotation[分子功能＃转到载于注释33列]
colnames(annotation)

##get gene GO molecular functions[＃得到基因的分子功能]
getGENEONTOLOGY(myPS,annotation,GOcol=33)

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