getOrthologs(AnnotationFuncs)
getOrthologs()所属R语言包：AnnotationFuncs
Performs quicker lookup for orthologs in homologe data packages...
执行更快的同源查找homologe数据包的...
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Performs quicker lookup for orthologs in homologe data packages
执行更快查找同源在homologe的数据包
用法----------Usage----------
参数----------Arguments----------
参数：values
Vector, coerced to character vector, of values needed mapping by homology.
向量，强迫性格的向量，需要通过同源映射值。
参数：mapping
Homology mapping object, such as hom.Hs.inpBOSTA or revmap(hom.Hs.inpBOSTA).
同源映射对象，如hom.Hs.inpBOSTA或revmap(hom.Hs.inpBOSTA)。
参数：genus
Character vector. 5 character INPARANOID style genus name of the mapping object, e.g. 'BOSTA' for both hom.Hs.inpBOSTA and revmap(hom.Hs.inpBOSTA).
特征向量。 5字符：INPARANOID风格属名的映射对象，例如： BOSTA既hom.Hs.inpBOSTA和revmap(hom.Hs.inpBOSTA)。
参数：threshold
Numeric value between 0 and 1. Only clustered homologues with a parwise score above the threshold is included. The native implementation has this set to 1.
0和1之间的数值。与以上阈值parwise得分只有聚集同源。本机实现有1套。
参数：pre.from
Mapping object if values needs translation before mapping. E.g. values are entrez and hom.Hs.inpBOSTA requires ENSEMBLPROT, hom.Hs.inpAPIME requires Refseq (?). Arguments from and to are just like in translate.
如果values需要映射前的翻译映射对象。例如values是Entrez的hom.Hs.inpBOSTA需要ENSEMBLPROT，hom.Hs.inpAPIME需要的RefSeq（？）参数from和to只是喜欢在translate。
参数：pre.to
Second part of translation before mapping.
第二部分映射之前的翻译。
参数：post.from
Translate the result from homology mapping to a desired id; just like in translate.
翻译结果同源映射到所需的ID，只是想在translate。
参数：post.to
Second part of translation after mapping.
映射转换后的第二部分。
参数：...
Additional arguments sent to translate. </table>
额外的参数发送到translate。 </ TABLE>
Details
详情----------Details----------
Using the INPARANOID data packages such as hom.Hs.inp.db is very, very slow and can take up to 11 min (on this particular developers workstation). This function introduces a new method that can do it in just 20 seconds (on the developers workstation).
使用，例如：INPARANOID数据包“hom.Hs.inp.db是非常，非常缓慢，可长达11分钟（特别是开发此工作站）。此功能引入了一种新的方法，它可以在短短20秒（在开发人员工作站）。
值----------Value----------
List. Names of list corresponds to values, except those that could not be mapped nor translated.
名单。列表名称对应values，除了那些不能被映射，也不翻译。
作者（S）----------Author(s)----------
Stefan McKinnon Edwards <a href="mailto:stefan.hoj-edwards@agrsci.dk">stefan.hoj-edwards@agrsci.dk</a>
参考文献----------References----------
InParanoid 6: eukaryotic ortholog clusters with inparalogs Nucleic Acids Res. 36 263–266
Inparanoid: A Comprehensive Database of Eukaryotic Orthologs NAR 33476–D480
Automatic clustering of orthologs and in-paralogs from pairwise species comparisons
参见----------See Also----------
translate, .getTableName, mapLists
translate，.getTableName，mapLists
举例----------Examples----------
library(org.Hs.eg.db)
library(org.Bt.eg.db)
getOrthologs("ENSBTAP00000024572", revmap(hom.Hs.inpBOSTA), 'BOSTA')
# And now, we will map from entrez genes 1, 2 and 3 to bovine Refseq[现在，我们将映射从Entrez的基因1，2和3牛的RefSeq]
bovine.ensembl <- getOrthologs(c(1,2,3), hom.Hs.inpBOSTA, 'BOSTA', pre.from=org.Hs.egENSEMBLPROT, post.from=org.Bt.egENSEMBLPROT2EG)
refseqs <- translate(unlist(bovine.ensembl, use.names=FALSE), org.Bt.egREFSEQ)
hs2bt.refseqs <- mapLists(bovine.ensembl, refseqs)
# Another way of doing it:[做它的另一种方式：]
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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 11:58:16
