R语言 AnnotationDbi包 populateDB()函数中文帮助文档(中英文对照)

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populateDB(AnnotationDbi)
populateDB()所属R语言包：AnnotationDbi

                                        Populates an SQLite DB with and produces a schema definition
                                         填充一个SQLite数据库，并产生一个模式定义

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates SQLite file useful for making a SQLite based annotation package.  Also produces the schema file which details the schema for the database produced.
创建SQLite文件用于基于一个SQLite注释包。还生产架构的文件，其中生产数据库的架构细节。


用法----------Usage----------


   populateDB(schema, ...)

#  usage case with required arguments
#  populateDB(schema, prefix, chipSrc, metaDataSrc)

#  usage case with all possible arguments
#  populateDB(schema, affy, prefix, fileName, chipMapSrc, chipSrc,
#  metaDataSrc, otherSrc, baseMapType, outputDir, printSchema)



参数----------Arguments----------

参数：schema
String listing the schema that you want to use to make the DB.  You can list schemas with available.dbschemas()  
列出的模式，你要使用的数据库的字符串。你可以列出available.dbschemas（模式）


参数：affy
Boolean to indicate if this is starting from an affy csv file or not.  If it is, then that will be parsed to make the sqlite file, if not, then you can feed a tab delimited file with IDs as was done before with AnnBuilder.  
布尔值，表示如果这是从一个affy csv文件或不。如果是的话，那么将被解析SQLite文件，如果没有，那么你可以养活标识作为与AnnBuilder完成前一个制表符分隔的文件。


参数：prefix
prefix is the first part of the eventual desired package name. (ie. "prefix.sqlite")  
前缀是最终所需的软件包名称的第一部分。 （即“prefix.sqlite”）


参数：fileName
The path and filename for the mapping file to be parsed.  This can either be an affy csv file or it can be a more classic file type. This is only needed when making chip packages.  
映射文件的路径和文件名被解析。这可以是一个affy csv文件，它可以是一个比较经典的文件类型。这是只需要在芯片封装。


参数：chipMapSrc
The path and filename to the intermediate database containing the mapping data for allowed ID types and how these IDs relate to each other.  If not provided, then the appropriate source DB from the most current .db0 package will be used instead.  
中间数据库，其中包含允许的ID类型的映射数据，以及如何这些ID的路径和文件名之间的相互关系。如果没有提供，那么相应的源DB从最新的。DB0包将用来代替。


参数：chipSrc
The path and filename to the intermediate database containing the annotation data for the sqlite to build.  If not provided, then the appropriate source DB from the most current .db0 package will be used instead.  
中间含有sqlite的注释数据，建立数据库的路径和文件名。如果没有提供，那么相应的源DB从最新的。DB0包将用来代替。


参数：metaDataSrc
Either a named character vector containing pertinent information about the metadata OR the path and filename to the intermediate database containing the metadata information for the package.  If this is a custom package, then it must be a named vector with the following fields:  metaDataSrc <- c( DBSCHEMA="the DB schema", ORGANISM="the organism", SPECIES="the species", MANUFACTURER="the manufacturer", CHIPNAME="the chipName", MANUFACTURERURL="the manufacturerUrl")  
无论是命名的特征向量包含有关的元数据或中间包包含元数据信息的数据库的路径和文件名的相关信息。如果这是一个自定义的包，那么它必须是一个命名的向量，与以下领域：metaDataSrc < -  C（dbschema的=“DB模式”，生物=“有机体”，物种的“物种”制造商=“制造商”，CHIPNAME =“chipName”，MANUFACTURERURL =“manufacturerUrl的”）


参数：otherSrc
The path and filenames to any other lists of IDs which might add information about how a probe will map.  
任何其他列表的ID可能添加探针将如何映射的信息的路径和文件名。


参数：baseMapType
The type of ID that is used for the initial base mapping.  If using a classic base mapping file, this should be the ID type present in the fileName.  This can be any of the following values: "gb" = for genbank IDs "ug" = unigene IDs "eg" = Entrez Gene IDs "refseq" = refseq IDs "gbNRef" = mixture of genbank and refseq IDs  
初始碱基映射的ID类型。如果使用的是一个典型的碱基映射文件，这应该是ID类型目前在文件名。这可以是以下任何值：“GB GenBank中的ID”UG“=”= UniGene的标识“，如”= Entrez基因身份证“的RefSeq”=的RefSeq的ID“gbNRef”=混合序列和标识的RefSeq


参数：outputDir
Where you would like the output files to be placed.  
如果您想放置输出文件。


参数：printSchema
Boolean to indicate whether or not to produce an output of the schema (default is FALSE).  
布尔值，指示是否产生输出模式（默认为false）。


参数：...
Just used so we can have a wrapper function.  Ignore this argument.   
只是用这样我们就可以有一个包装函数。忽略此参数。


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
  ##Set up the metadata[＃设置元数据]
  my_metaDataSrc <- c( DBSCHEMA="the DB schema",
                    ORGANISM="the organism",
                    SPECIES="the species",
                    MANUFACTURER="the manufacturer",
                    CHIPNAME="the chipName",
                    MANUFACTURERURL="the manufacturerUrl")  

  ##Builds the org.Hs.eg sqlite:[＃生成org.Hs.eg sqlite的：]
  populateDB("HUMAN_DB",
             prefix="org.Hs.eg",
             chipSrc = "/mnt/cpb_anno/mcarlson/proj/mcarlson/sqliteGen/annosrc/db/chipsrc_human.sqlite",
             metaDataSrc = my_metaDataSrc,
             printSchema=TRUE)


  ##Builds hgu95av2.sqlite:[＃生成hgu95av2.sqlite：]
  populateDB("HUMANCHIP_DB",
             affy=TRUE,
             prefix="hgu95av2",
             fileName="/mnt/cpb_anno/mcarlson/proj/mcarlson/sqliteGen/srcFiles/hgu95av2/HG_U95Av2.na27.annot.csv",
             metaDataSrc=my_metaDataSrc,
             baseMapType="gbNRef")


  ##Builds the ag.sqlite:[＃构建ag.sqlite：]
  populateDB("ARABIDOPSISCHIP_DB",
             affy=TRUE,
             prefix="ag",
             metaDataSrc=my_metaDataSrc)


  ##Builds yeast2.sqlite:  [＃生成yeast2.sqlite：]
  populateDB("YEASTCHIP_DB",
              affy=TRUE,
              prefix="yeast2",
              fileName="/mnt/cpb_anno/mcarlson/proj/mcarlson/sqliteGen/srcFiles/yeast2/Yeast_2.na27.annot.csv",
              metaDataSrc=metaDataSrc)


## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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