R语言 SimHap包 pheno.dat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pheno.dat(SimHap)
pheno.dat()所属R语言包：SimHap

                                        Example phenotypic data
                                         的示例表型数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

pheno.dat is an example phenotypic data set containing biological measures to be used by snp.quant, haplo.quant, snp.bin and haplo.bin
pheno.dat就是一个例子，表型数据集，其中包含生物措施要使用的snp.quant，haplo.quant，snp.bin和haplo.bin


用法----------Usage----------


data(pheno.dat)



格式----------Format----------

A data frame with 180 observations on the following 16 variables.
180以下16个变量的观察与数据框。




ID patient identifiers.
ID病人的标识符。




SEX 1=male, 0=female.
SEX1 =男，0 =女性。




AGE age in years.
AGE年龄在几年。




SBP systolic blood pressure (mmHg).
SBP收缩期血压（mmHg）。




DBP diastolic blood pressure (mmHg).
DBP舒张期血压（mmHg）。




BMI body-mass index.
BMI的身体质量指数。




WHR waist-hip ratio.
WHR腰臀比。




HDL plasma high density lipoprotein (mmol/L).
HDL血浆高密度脂蛋白胆固醇（mmol / L的）。




LDL plasma low density lipoprotein (mmol/L).
LDL血浆低密度脂蛋白（mmol / L的）。




DIABETES a binary indicator of history of type 2 diabetes.
DIABETES一个二进制指示器2型糖尿病的历史。




FH_IHD a binary indicator of family history of ischaemic heart disease.
FH_IHD一个二进制缺血性心脏疾病家族病史的指标。




PLAQUE a binary indicator of the presence of 1 or more carotid plaques.
PLAQUE中的1个或多个颈动脉粥样硬化斑块的存在一个二进制指示器。




SMOKE a binary indicator of smoking history (0=never smoked, 1=ever smoked).
SMOKE一个二进制指示器吸烟史（0 =从不吸烟，曾经吸过烟）。




PY pack-years of smoking.
PY包年的吸烟。




DISEASE a binary indicator of ischaemic heart disease.
DISEASE一个二进制的缺血性心脏疾病的指标。




STRAT a matching variable indicating the pairs of matched cases and controls.
STRAT匹配的变量，表示对匹配的病例组和对照。


Details

详细信息----------Details----------

pheno.dat is a simulated data set of coronary heart disease related phenotypes
pheno.dat是一个模拟数据冠状动脉心脏疾病相关的表型


实例----------Examples----------



data(SNP.dat)

# convert SNP.dat to format required by snp.quant[SNP.dat转换，格式化所需的snp.quant]
geno.dat <- SNP2Geno(SNP.dat, baseline=c("MM", "11", "GG", "CC"))

data(pheno.dat)

mymodel <- snp.quant(formula1=LDL~AGE+SBP+factor(SNP_1_add),
        formula2=HDL~AGE+SBP, geno=geno.dat, pheno=pheno.dat)
summary(mymodel)

# example with a subsetting variable, looking at males only[例如，一个子集变量，只在男性]
mymodel <- snp.quant(formula1=LDL~AGE+SBP+factor(SNP_1_add),
        formula2=HDL~AGE+SBP, geno=geno.dat, pheno=pheno.dat,
        sub=expression(SEX==1))


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