Bacteria(simboot)
Bacteria()所属R语言包：simboot
Relative Abundances of Soil Bacteria
土壤细菌的相对丰度
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Relative abundances of soil bacteria from 27 samples collected in nine forest and 18 grassland sites in Germany. The data set includes abundances of 18 bacterial phyla (including three candidate phyla) and five proteobacterial classes.
收集土壤中的细菌相对丰度从27个样品中9个森林和18个草原在德国。数据集包括18个细菌门（包括三名候选人的门）和5个变形菌类的丰度。
用法----------Usage----------
data(Bacteria)
格式----------Format----------
A data frame with 27 observations on the following 24 variables.
27以下24个变量的观察与数据框。
Land use type a factor with levels forest grassland
Land use type的一个因素水平forestgrassland
Acidobacteria a numeric vector
Acidobacteria一个数值向量
Actinobacteria a numeric vector
Actinobacteria一个数值向量
Bacteroidetes a numeric vector
Bacteroidetes一个数值向量
Chloroflexi a numeric vector
Chloroflexi一个数值向量
Cyanobacteria a numeric vector
Cyanobacteria一个数值向量
Deinococcus-Thermus a numeric vector
Deinococcus-Thermus一个数值向量
Fibrobacteres a numeric vector
Fibrobacteres一个数值向量
Firmicutes a numeric vector
Firmicutes一个数值向量
Fusobacteria a numeric vector
Fusobacteria一个数值向量
Gemmatimonadetes a numeric vector
Gemmatimonadetes一个数值向量
Nitrospira a numeric vector
Nitrospira一个数值向量
OP11 a numeric vector
OP11一个数值向量
Planctomycetes a numeric vector
Planctomycetes一个数值向量
Spirochaetes a numeric vector
Spirochaetes一个数值向量
Tenericutes a numeric vector
Tenericutes一个数值向量
TM7 a numeric vector
TM7一个数值向量
Verrucomicrobia a numeric vector
Verrucomicrobia一个数值向量
WS3 a numeric vector
WS3一个数值向量
Alphaproteobacteria a numeric vector
Alphaproteobacteria一个数值向量
Betaproteobacteria a numeric vector
Betaproteobacteria一个数值向量
Deltaproteobacteria a numeric vector
Deltaproteobacteria一个数值向量
Gammaproteobacteria a numeric vector
Gammaproteobacteria一个数值向量
Epsilonproteobacteria a numeric vector
Epsilonproteobacteria一个数值向量
Details
详细信息----------Details----------
Relative abundances of 18 bacterial phyla (including three candidate phyla) and five proteobacterial classes (alpha, beta, gamma, delta and epsilon) from two ecological metagenomics studies (Will et al. 2010, Nacke et al. 2011). There are 27 observations altogether, nine of which stem from forest and 18 from grassland plots in Germany.
相对丰度的18个细菌门（包括三名候选人的门），5的变形菌类（甲型，乙型，丙型，丁型和戊型）两个生态环境基因组学研究（威尔等人。2010年，Nacke等2011）。总共有27个观测值，其中9个来自森林和草原图在德国的18。
One goal of these investigations was to unravel differences in bacterial diversity and community composition between the land use types forest and grassland.
这些调查的目标之一是解开细菌多样性和群落组成的土地利用类型，森林和草原之间的差异。
The bacteria's relative abundances were determined by analyzing the V2-V3 region of the 16S rRNA gene via pyrosequencing-based DNA techniques.
细菌的相对丰度的测定通过焦磷酸测序法为基础的DNA技术的16S rRNA基因分析，V2-V3区。
源----------Source----------
Will, C., Thuermer, A., Wollherr, A., et al. (2010) Horizon- specific bacterial community composition of German grassland soils, as revealed by pyrosequencing-based analysis of 16S rRNA genes. Applied and Environmental Microbiology, 76, 6751–6759.
，C.，A.，Thuermer，Wollherr，A.，等人。 （2010年）水平特定的细菌群落组成的德国草原土壤，所揭示的焦磷酸测序的16S rRNA基因为基础的分析。应用与环境微生物学，76，6751-6759。
Nacke, H., Thuermer, A., Wollherr, A., et al. (2011) Pyrosequencing- based assessment of bacterial community structure along different management types in German forest and grassland soils. PLoS One, 6, e17000.
nacke，H.，Thuermer，A.，Wollherr，A.，等人。 （2011）焦磷酸测序为基础的评估，在德国森林和草地土壤细菌群落结构以及不同的管理类型。 PLoS ONE上，e17000。
实例----------Examples----------
data(Bacteria)
str(Bacteria)
### Assess whether there is a difference in biodiversity and[＃＃评估是否是有差别的生物多样性和]
### community composition species richness (Shannon index,[＃＃群落组成物种丰富度（Shannon指数，]
### Simpson index) between grassland and forest[＃＃Simpson指数）之间的草原和森林]
library(simboot)
mcpHill(dataf=Bacteria[,2:24], fact=Bacteria[,1], boots=5000, qval=c(0,1,2))
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发表于 2012-9-30 02:31:06
