R语言 simba包 liste()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

liste(simba)
liste()所属R语言包：simba

                                         Convert dist-objects and matrices to database format
                                         数据库格式转换区对象和矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Transposes dist objects to database list format (where each line represents a similarity value calculated between two plots, so the list has three columns containing information on plot x, plot y and information on similarity/dissimilarity). This might be useful if further database processing is intended. If the given matrix is not of class dist, the whole matrix is converted. This might be handy if species matrices are to be converted to database format.
移调dist对象数据库列表格式（其中每行代表两个图之间的相似性计算值，所以列表中有三个列，其中包含的信息图相似/相异的x，图y和信息）。这可能是有用的，如果进一步的数据库处理的目的。如果给定的矩阵不是类dist，整个矩阵被转换。这可能是方便，如果物种矩阵转换为数据库格式。


用法----------Usage----------


liste(obj, x="NBX", y="NBY", entry=NULL, factorize=TRUE,
splist=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：obj
A distance object as it is returned from sim, dist, vegdist or dist.binary or a similar matrix with class="dist". If the matrix is not of class dist a data.frame is expected and all entries are converted. Species matrices are assumed to contain sites (or plots) in rows and species in columns.
一个距离的对象，因为它是返回sim，dist，vegdist或dist.binary或类似的矩阵类=“区”。如果矩阵是不是类dist data.frame预计，所有参赛作品将被转换。假定物种矩阵的行和列的物种，包含网站（或图）。


参数：x
How the second column should be named, standard is that it contains "NBX" the neighbour X. Obsolete when splist = TRUE.  
第二栏应如何命名，标准是，它包含"NBX"邻居的X过时，当splist= TRUE。


参数：y
How the second column should be named, standard is that it contains "NBY" the neighbour Y. Obsolete when splist = TRUE.  
第二栏应如何命名，标准是，它包含"NBY"的邻居Y.过时，当splist= TRUE。


参数：entry
How the third column should be named. If there is nothing given, it is named "we" (whatever). Obsolete when splist = TRUE.  
第三列应如何命名的。如果有任何给定的，它被命名为“我们”（任何）。当splist= TRUE，已过时。


参数：factorize
If naming (first two) columns should be given as factors. Defaults to TRUE.  
如果命名（前两个）列应该考虑的因素。默认为true。


参数：splist
Set to TRUE if a species matrix is transformed to a database list format. Automatically removes entries with zero occurrence of the species' and names columns correspondingly (see Value).  
如果一个物种矩阵转化到一个数据库中的列表格式设置为TRUE。自动删除条目的品种和名称相应的列（值）的零发生。


Details

详细信息----------Details----------

Column x represents the column names of the input matrix. So if you want to reshape a species matrix, x will be the species names and y will be the plot names. If it is needed vice versa, you have to change column order. For convenience you can set splist = TRUE and you will get a species list in database format with columns representing the plot, species and occurrence information. Furthermore zero occurrences are already omitted.
列X代表输入矩阵的列名。所以，如果你想重塑一个的物种矩阵，x将是物种名称和y将是曲线名。如果有需要，反之亦然，你必须改变列的顺序。为了方便起见，你可以设置splist= TRUE，你会得到一个物种数据库格式列表中的列代表的图，种类和发生的信息。此外，零次出现已经省略。


值----------Value----------

Returns a data.frame with three columns:
返回一个data.frame三列：


参数：Col1
The column names of the input matrix. If it is a dist-object only the lower triangle is used. Named plot when a species matrix is transformed with splist = TRUE.
输入矩阵的列名称。如果它是一个dist-反对使用只有较低的三角形。命名plot当一个物种的的矩阵转化与splist= TRUE。


参数：Col2
The row names of the input matrix. Named spec when a species matrix is transformed with splist = TRUE.  
的输入矩阵的行的名称。命名spec当一个物种的的矩阵转化与splist= TRUE。


参数：Col3
The respective matrix entries. Named occ when a species matrix is transformed with splist = TRUE.  
各自的矩阵项。命名occ当一个物种的的矩阵转化与splist= TRUE。


（作者）----------Author(s)----------


Gerald Jurasinski



参见----------See Also----------

reshape, data.frame. It resembles functionality of reshape - which is more flexible (but also more complex).
reshape，data.frame。类似功能的重塑 - 这是更灵活的（但也更复杂）。


实例----------Examples----------



data(abis)
## there are empty species entries:[＃是空的物种条目：]
sum(colSums(abis.spec)==0)
## remove empty species[＃删除空物种。]
abis.spec <- abis.spec[,colSums(abis.spec)!=0]
abis.spec.ls <- liste(abis.spec, splist=TRUE)


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