R语言 sigora包 sigs_background()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

sigs_background(sigora)
sigs_background()所属R语言包：sigora

                                         sigs with background restriction
                                         改进目标与背景的限制

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function behaves analogous to sigs, but operates on a restricted GPS-search space (the background). sigs_background's search space is limited to the list of GPS that could theoretically have been observed in an experimental setting (e.g. only the GPS whose both constituent genes are on a particular microarray).
这个函数的作用类似sigs，但在一个受限制的GPS搜索空间（背景）。 sigs_background的搜索空间是有限的GPS理论上可能已经观察到在一个实验性的设定（例如，只对全球定位系统，其两个成分的是在一个特定的微阵列的基因）的列表。


用法----------Usage----------


sigs_background(samplename, archive, markers, level = 1, bg_genes)



参数----------Arguments----------

参数：samplename
A user specified list of genes of interest ('query list'), as a vector of  SIGORA IDs. To obtain such a vector, import the list of  ENSEMBL/Entrez IDs using scan(..,what='character') and apply the  appropriate mapping_function (entrez_converter or ens_converter) to it.   
用户指定的感兴趣的基因列表（“查询列表”），作为向量的SIGORA标识。要获得这样的向量，导入列表的ENSEMBL / Entrez的ID，使用scan(..,what='character')和应用适当的mapping_function（entrez_converter或ens_converter）。


参数：archive
Repository name : e.g. keg(or 'k') for KEGG, 'R' for REACTOME. Possible values are:'K'(KEGG),'B'(PID_BIOCARTA),'N'(PID_NCI), 'I'(INOH),'R'(REACTOME)  
库名称例如： KEGG，R为REACTOME桶（或“K”）。可能的值是：K（KEGG），（PID_BIOCARTA）B，N（PID_NCI），I（INOH），“R（REACTOME的）


参数：markers
Whether to take single genes that are uniquely associated with only one pathway into account (i.e. should pathway unique genes/PUGs be considered GPS?). Possible values are: 0 (FALSE) and 1 (TRUE). Recommended value: 1.  
无论是采取单一的唯一相关联的基因，只有一个途径考虑（即通路独特的基因/ PUGS的GPS？）。可能的值是：0（FALSE）1（TRUE）。推荐值：1。


参数：level
In hierarchical repositories (e.g. REACTOME) number of levels to consider. Recommended value for KEGG: 2, for REACTOME: 4.  
在分层库（例如REACTOME）的水平考虑。推荐值KEGG：2，REACTOME：4。


参数：bg_genes
A vector containing the list of assayed genes as SIGORA IDs. For a convenient way of obtain such a vector from a Biomart mapping file, please see the instructions in create_bg. You can also use SIGORA's ens_converter to obtain such a vector from a list of ENSEMBL IDs.   
一个向量，包含检测的基因的SIGORA的ID列表。对于获得这样的矢量从一个Biomart的映射文件的一个方便的方法，请看到在create_bg。您也可以使用SIGORA的ens_converter，获得这样的向量，从列表中的ENSEMBL的ID。


参见----------See Also----------

sigs, create_bg, ens_converter
sigs，create_bg，ens_converter


实例----------Examples----------


## Not run: [＃不运行：]
sigs_background(ecm_randall_cba,'k',1,level=2,mg_4302_bg)
head(summary_results)
##compare to the unrestricted version:[＃比较的无限制版本：]
sigs(ecm_randall_cba,'k',1,level=2)
head(summary_results)

## End(Not run)[＃（不执行）]

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注：
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