R语言 SHIP包 targetGpos()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

targetGpos(SHIP)
targetGpos()所属R语言包：SHIP

                                        Computation of the target Gpos.
                                         计算目标的GPO。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The p x p target Gpos is computed from the  n x p data matrix. It it a modified version  of target G. In particular, it completely ignores negative correlations and  computes the mean correlation r using the positive ones only.
p x p目标GPO是从n x p数据矩阵计算。它目标G.的特别的修改的版本，它完全忽略的负相关性，并计算平均相关r只使用正的。


用法----------Usage----------


targetGpos(x, genegroups)



参数----------Arguments----------

参数：x
A n x p data matrix.
An x p数据矩阵。


参数：genegroups
A list of genes obtained using the database KEGG, where each  entry itself is a list of pathway names this genes belongs to. If a gene does  not belong to any gene functional group, the entry is NA.
甲使用的数据库的KEGG，得到的基因列表，其中每个条目本身是一个通路名称列表这个基因属于。如果一个基因不属于官能团的任何基因，该条目是NA。


值----------Value----------

A p x p matrix.
Ap x p矩阵。


（作者）----------Author(s)----------



Monika Jelizarow and Vincent Guillemot




参考文献----------References----------


J. Schaefer and K. Strimmer, 2005. A shrinkage approach to large-scale  covariance matrix estimation and implications for functional genomics.  Statist. Appl. Genet. Mol. Biol. 4:32.
M. Jelizarow, V. Guillemot, A. Tenenhaus, K. Strimmer, A.-L. Boulesteix, 2010.  Over-optimism in bioinformatics: an illustration. Bioinformatics. Accepted. </ul>

参见----------See Also----------

targetCor,  targetF,  targetG,  targetGstar,  targetGpos.
targetCor，targetF，targetG，targetGstar，targetGpos。


实例----------Examples----------


# A short example on a toy dataset[一个简短的例子在玩具数据集]
# require(SHIP)[要求（SHIP）]
data(expl)
attach(expl)
tar <- targetGpos(x,genegroups)
which(tar[upper.tri(tar)]!=0) # not many non zero coefficients ![没有多少非零系数！]

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